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- PDB-1air: PECTATE LYASE C FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI (EC16) TO A RESOLUTION ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1air
タイトルPECTATE LYASE C FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI (EC16) TO A RESOLUTION OF 2.2 ANGSTROMS WITH 128 WATERS
要素PECTATE LYASE C
キーワードPECTATE CLEAVAGE / PECTINOLYITC ACTIVITY / TRANS-ELIMINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase / pectate lyase activity / pectin catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase / Pectin lyase family / Pectate lyase / Amb_all / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lietzke, S.E. / Scavetta, R.D. / Yoder, M.D. / Jurnak, F.A.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 1996
タイトル: The Refined Three-Dimensional Structure of Pectate Lyase E from Erwinia chrysanthemi at 2.2 A Resolution.
著者: Lietzke, S.E. / Scavetta, R.D. / Yoder, M.D. / Jurnak, F.
履歴
登録1997年4月24日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PECTATE LYASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9263
ポリマ－37,7341
非ポリマー1922
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.000, 83.000, 95.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PECTATE LYASE C / PELC


分子量: 37733.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Erwinia chrysanthemi (バクテリア) / 属: Dickeya / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: HB101 / 株: EC16 / 参照: UniProt: P11073, pectate lyase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.29 %
結晶化pH: 7.2
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.9 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, PH 7.2 SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: SYMMETRY= (X,Y,Z) SYMMETRY=(-X+1/2,-Y,Z+1/2) SYMMETRY= (-X,Y+1/2,-Z+1/2) ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.9 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, PH 7.2 SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: SYMMETRY= (X,Y,Z) SYMMETRY=(-X+1/2,-Y,Z+1/2) SYMMETRY= (-X,Y+1/2,-Z+1/2) SYMMETRY=(X+1/2,-Y+1/2,-Z)
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Kim, C-Y., (1989) J. Mol. Biol., 208, 365.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlprotein1drop
225 mMHEPES1drop
320 mM1dropLi2SO4
420 %satpolygalacturonic acid1drop
510 %(w/w)PEG33501drop
6PEG33501reservoir20ml

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 25685 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.175

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SDMSSOFTWAREデータ収集
SDMSSOFTWAREデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 -10 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 25685 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2642 0 0 128 2770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.774
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.199
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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