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- PDB-1agj: EPIDERMOLYTIC TOXIN A FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1agj
タイトルEPIDERMOLYTIC TOXIN A FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS
要素EPIDERMOLYTIC TOXIN A
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold ...Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exfoliative toxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cavarelli, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The structure of Staphylococcus aureus epidermolytic toxin A, an atypic serine protease, at 1.7 A resolution.
著者: Cavarelli, J. / Prevost, G. / Bourguet, W. / Moulinier, L. / Chevrier, B. / Delagoutte, B. / Bilwes, A. / Mourey, L. / Rifai, S. / Piemont, Y. / Moras, D.
履歴
登録1997年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPIDERMOLYTIC TOXIN A
B: EPIDERMOLYTIC TOXIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9702
ポリマ－53,9702
非ポリマー00
水7,512417
1
A: EPIDERMOLYTIC TOXIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9851
ポリマ－26,9851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EPIDERMOLYTIC TOXIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9851
ポリマ－26,9851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.090, 66.400, 81.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99344, 0.02727, -0.11106), (-0.02677, 0.99962, 0.00593), (0.11118, -0.00291, 0.9938)
ベクター: 18.47964, -0.39665, 41.05029)

-
要素

#1: タンパク質 EPIDERMOLYTIC TOXIN A


分子量: 26985.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: IBS-SA417
参照: UniProt: P09331, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 7 / 詳細: PEG 4000 18%, DMSO 1%, pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 %PEG40001reservoir
250 mMsodium phosphate1reservoir
317.7 mg/lprotein1drop
4DMSO1drop1ml

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27 Å / Num. obs: 57263 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.177 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. measured all: 226508
反射 シェル
*PLUS
Num. unique obs: 9807 / Num. measured obs: 2810

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 3999 7.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 53177 93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.207 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.122 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 0 417 4227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.64
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.611.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.492
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.212
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 250 6.7 %
Rwork0.251 3510 -
obs--78 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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