PDB-1ag8: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM BOVINE MITOCHONDRIA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ag8

タイトル

ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM BOVINE MITOCHONDRIA

要素

ALDEHYDE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALCOHOL METABOLISM / ALDEHYDE OXIDATION / ALPHA/BETA DOMAIN / DEHYDROGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Metabolism of serotonin / Ethanol oxidation / Smooth Muscle Contraction / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / ethanol catabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Steinmetz, C.G. / Hurley, T.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structure of mitochondrial aldehyde dehydrogenase: the genetic component of ethanol aversion.
著者: Steinmetz, C.G. / Xie, P. / Weiner, H. / Hurley, T.D.

履歴

登録	1997年4月3日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ag8.cif.gz	370.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ag8.ent.gz	303.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ag8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ag8_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ag8_full_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示
XML形式データ	1ag8_validation.xml.gz	78.8 KB	表示
CIF形式データ	1ag8_validation.cif.gz	101.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a4zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vle-1 5l13-1 4kwg-1 2ono-1 3n80-1 4kwf-1 2ono-2 5l13-2 2onn-2 2onm-2 1o02-2 4fr8-1 3n81-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (8) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8)

登録構造単位

A: ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: ALDEHYDE DEHYDROGENASE

C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE

D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE

218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.600, 198.400, 91.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.255423, 0.966826, 0.002632), (0.966829, -0.255421, -0.001078), (-0.00037, 0.00282, -0.999996)	-73.5257, 95.5341, 43.5809
2	given	(-0.504331, -0.633817, -0.586452), (-0.640469, -0.180961, 0.74636), (-0.57918, 0.752017, -0.314676)	190.5928, 174.1226, -28.2339
3	given	(-0.747123, -0.336176, 0.573405), (-0.321781, -0.571912, -0.754568), (0.581605, -0.748266, 0.319114)	143.36501, 235.7395, 71.4662

#1: タンパク質	ALDEHYDE DEHYDROGENASE 分子量: 54494.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIA / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P20000, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %

結晶化

pH: 6.5
詳細: 14% PEG 8000, 100 MM MES, PH 6.5, 0.2 MM MGCL2, 1MM NAD; THEN SOAKED IN SAME SOLUTION WITHOUT NAD OR MGCL2 FOR 1 WEEK.

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	100 mM	MES	1	drop
2	1 mM	NAD+	1	drop
3	0.2 mM		1	drop	MgCl2
4	14 %(w/v)	PEG8000	1	drop
5	8 mg/ml	enzyme	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→48 Å / Num. obs: 55485 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.64→2.73 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 59
反射	PLUS Num. measured all*: 213121
反射シェル	PLUS % possible obs*: 59 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
bioteX		データ収集
bioteX		データ削減
PHASES		位相決定
X-PLOR	3.1	モデル構築
XTALVIEW		精密化
X-PLOR	3.1	精密化
bioteX		データスケーリング
X-PLOR	3.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.65→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	3743	6 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.217	52458	83.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.7 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15336	0	0	140	15476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.34
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	24
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.23
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	2.6	1
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	1.99	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	2.6	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	1.99	2.5

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	NCS model details	Refine-ID	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	RESTRAINTS	X-RAY DIFFRACTION	0.06	100
2	2		X-RAY DIFFRACTION	0.06	100
3	3		X-RAY DIFFRACTION	0.06	100
4	4		X-RAY DIFFRACTION	0.06	100

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.77 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	300	3.8 %
R_work	0.206	4403	-
obs	-	-	60.2 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PARHCSDX.PRO	TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION	2	PARAM19.SOL	TOPH19.SOL

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	24
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.23

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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