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- PDB-1afc: STRUCTURAL STUDIES OF THE BINDING OF THE ANTI-ULCER DRUG SUCROSE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1afc
タイトルSTRUCTURAL STUDIES OF THE BINDING OF THE ANTI-ULCER DRUG SUCROSE OCTASULFATE TO ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
要素ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR3b ligand binding and activation / FGFR3c ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / FGFR2c ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 ...FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR3b ligand binding and activation / FGFR3c ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / FGFR2c ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Downstream signaling of activated FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / fibroblast growth factor receptor binding / organ induction / S100 protein binding / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / activation of protein kinase B activity / neurogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / extracellular matrix / regulation of cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / growth factor activity / lung development / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / wound healing / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / heparin binding / cellular response to heat / cell cortex / angiogenesis / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose octasulfate / Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhu, X. / Hsu, B.T. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: Structural studies of the binding of the anti-ulcer drug sucrose octasulfate to acidic fibroblast growth factor.
著者: Zhu, X. / Hsu, B.T. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structures of Acidic and Basic Fibroblast Growth Factors
著者: Zhu, X. / Komiya, H. / Chirino, A. / Faham, S. / Fox, G.M. / Arakawa, T. / Hsu, B.T. / Rees, D.C.
履歴
登録1993年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
B: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
C: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
D: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
E: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
F: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
G: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
H: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,83016
ポリマ－126,9688
非ポリマー7,8628
水00
1
A: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8542
ポリマ－15,8711
非ポリマー9831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.600, 110.600, 172.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR


分子量: 15871.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03968
#2: 多糖
1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose / sucrose octasulfate


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 982.803 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose octasulfate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_1*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf1SO33SO34SO36SO3]{[(2+1)][a-D-Glcp2SO33SO34SO36SO3]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein solution1drop
20.1 M1reservoirMgCl2
327.5 %PEG80001reservoir
40.1 MN-2-acetamidoiminodiacetic1reservoir
53.3 mMSOS1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 31326 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 138212 / Rmerge(I) obs: 0.118

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.204 / Rfactor obs: 0.204 / 最高解像度: 2.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7872 0 440 0 8312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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