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- PDB-1af3: RAT BCL-XL AN APOPTOSIS INHIBITORY PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1af3
タイトルRAT BCL-XL AN APOPTOSIS INHIBITORY PROTEIN
要素APOPTOSIS REGULATOR BCL-X
キーワードREGULATORY PROTEIN / BCL-XL / APOPTOSIS / MITOCHONDRION / ALTERNATIVE SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to astaxanthin / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / The NLRP1 inflammasome / response to erythropoietin / cellular response to prolactin / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle recycling via endosome / cellular response to erythropoietin / RAS processing / BH domain binding ...cellular response to astaxanthin / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / The NLRP1 inflammasome / response to erythropoietin / cellular response to prolactin / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle recycling via endosome / cellular response to erythropoietin / RAS processing / BH domain binding / positive regulation of synaptic vesicle clustering / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / response to anesthetic / clathrin binding / response to cycloheximide / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / germ cell development / BH3 domain binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / response to electrical stimulus / cellular response to interleukin-1 / regulation of synaptic vesicle endocytosis / cellular response to dexamethasone stimulus / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / regulation of long-term synaptic depression / response to cytokine / MDM2/MDM4 family protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to nitric oxide / response to endoplasmic reticulum stress / release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to cAMP / response to ischemia / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / response to radiation / response to peptide hormone / mitochondrial membrane / cerebral cortex development / response to lead ion / response to virus / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle / cellular response to tumor necrosis factor / synaptic vesicle membrane / presynapse / channel activity / GTPase binding / response to oxidative stress / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / apoptotic process / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Aritomi, M. / Kunishima, N. / Inohara, N. / Ishibashi, Y. / Ohta, S. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of rat Bcl-xL. Implications for the function of the Bcl-2 protein family.
著者: Aritomi, M. / Kunishima, N. / Inohara, N. / Ishibashi, Y. / Ohta, S. / Morikawa, K.
履歴
登録1997年3月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0821
ポリマ－22,0821
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.050, 64.050, 112.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 22082.246 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53563
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlBcl-Xl(B)1drop
250 mMMES1drop
35 %(v/v)glycerol1drop
41 mMdithiothreitol1drop
5100 mM1dropNaCl
60.7 Mammonium sulfate1drop
7100 mMMES1reservoir
810 %(v/v)glycerol1reservoir
92 mMdithiothreitol1reservoir
101.4 M1reservoirNa2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8614 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.962 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.962 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 68982

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 560 6.5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.225 8564 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1176 0 0 51 1227
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 8564
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 59.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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