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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1af0 | ||||||
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タイトル | SERRATIA PROTEASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR | ||||||
要素 | SERRATIA PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / METALLOPROTEASE / SERRALYSIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serralysin / symbiont-mediated killing of host cell / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / toxin activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space ...serralysin / symbiont-mediated killing of host cell / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / toxin activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Serratia marcescens (霊菌) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Baumann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the 50 kDa Metallo Protease from S. Marcescens in Complex with the Synthetic Inhibitor Cbz-Leu-Ala-Nhoh 著者: Baumann, U. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of a Complex between Serratia Marcescens Metallo-Protease and an Inhibitor from Erwinia Chrysanthemi 著者: Baumann, U. / Bauer, M. / Letoffe, S. / Delepelaire, P. / Wandersman, C. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of the 50 kDa Metallo Protease from Serratia Marcescens 著者: Baumann, U. #3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Alkaline Protease of Pseudomonas Aeruginosa: A Two-Domain Protein with a Calcium Binding Parallel Beta Roll Motif 著者: Baumann, U. / Wu, S. / Flaherty, K.M. / Mckay, D.B. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Kinetic characterization of the serralysins: a divergent catalytic mechanism pertaining to astacin-type metalloproteases. 著者: Mock, W.L. / Yao, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM PDB ENTRY 1SAT | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM PDB ENTRY 1SAT |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1af0.cif.gz | 157.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1af0.ent.gz | 117 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1af0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1af0_validation.pdf.gz | 428.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1af0_full_validation.pdf.gz | 430.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1af0_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1af0_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1af0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1af0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1satS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50413.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA / 由来: (天然) Serratia marcescens (霊菌) / 株: NOT KNOWN, PROBABLY SM6 / 参照: UniProt: P23694, serralysin | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-0Z9 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THERE IS A DISORDERED N-CARBO-BENZYLOXY GROUP IN THIS STRUCTURE THAT IS ATTACHED TO LEU B 674. NO ...THERE IS A DISORDERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 20%PEG 4K, PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 61944 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 81.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1SAT 解像度: 1.8→30 Å / Num. parameters: 15163 / Num. restraintsaints: 14700 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ZN++ AND CA++ IONS REFINED ANISOTROPICALLY. THE N-CARBOBENZYLOXY GROUP OF THE INHIBITOR IS INVISIBLE.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Occupancy sum non hydrogen: 3780 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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