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万見
- PDB-1af0: SERRATIA PROTEASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1af0
タイトルSERRATIA PROTEASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR
要素SERRATIA PROTEASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / METALLOPROTEASE / SERRALYSIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serralysin / symbiont-mediated killing of host cell / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / toxin activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat ...Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBZ-LEU-ALA-NHOH / Chem-0Z9 / Serralysin
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Baumann, U.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the 50 kDa Metallo Protease from S. Marcescens in Complex with the Synthetic Inhibitor Cbz-Leu-Ala-Nhoh
著者: Baumann, U.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of a Complex between Serratia Marcescens Metallo-Protease and an Inhibitor from Erwinia Chrysanthemi
著者: Baumann, U. / Bauer, M. / Letoffe, S. / Delepelaire, P. / Wandersman, C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of the 50 kDa Metallo Protease from Serratia Marcescens
著者: Baumann, U.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Alkaline Protease of Pseudomonas Aeruginosa: A Two-Domain Protein with a Calcium Binding Parallel Beta Roll Motif
著者: Baumann, U. / Wu, S. / Flaherty, K.M. / Mckay, D.B.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Kinetic characterization of the serralysins: a divergent catalytic mechanism pertaining to astacin-type metalloproteases.
著者: Mock, W.L. / Yao, J.
履歴
登録1997年3月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM PDB ENTRY 1SAT
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM PDB ENTRY 1SAT

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERRATIA PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,11110
ポリマ－50,4131
非ポリマー6979
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.000, 109.200, 42.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SERRATIA PROTEASE


分子量: 50413.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA / 由来: (天然) Serratia marcescens (霊菌) / 株: NOT KNOWN, PROBABLY SM6 / 参照: UniProt: P23694, serralysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-0Z9 / N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-hydroxy-L-alaninamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 351.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N3O5 / 参照: CBZ-LEU-ALA-NHOH
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THERE IS A DISORDERED N-CARBO-BENZYLOXY GROUP IN THIS STRUCTURE THAT IS ATTACHED TO LEU B 674. NO ...THERE IS A DISORDERED N-CARBO-BENZYLOXY GROUP IN THIS STRUCTURE THAT IS ATTACHED TO LEU B 674. NO COORDINATES ARE GIVEN FOR THIS GROUP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 20%PEG 4K, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 61944 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
SHELX精密化
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 1SAT

1sat


解像度: 1.8→30 Å / Num. parameters: 15163 / Num. restraintsaints: 14700 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ZN++ AND CA++ IONS REFINED ANISOTROPICALLY. THE N-CARBOBENZYLOXY GROUP OF THE INHIBITOR IS INVISIBLE.
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.183 61935 --
obs0.242 -93.3 %-
Rfree-2382 4 %RANDOM
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeOccupancy sum non hydrogen: 3780
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 23 206 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.13
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.112
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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