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万見
- PDB-1ae4: ALDEHYDE REDUCTASE COMPLEXED WITH COFACTOR AND INHIBITOR, ALPHA C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ae4
タイトルALDEHYDE REDUCTASE COMPLEXED WITH COFACTOR AND INHIBITOR, ALPHA CARBON ATOMS ONLY
要素ALDEHYDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE / TIM-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde ...glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / apical plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member A1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TOLRESTAT / Aldo-keto reductase family 1 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / DIFFERENCE-FOURIER / 解像度: 2.4 Å
データ登録者El-Kabbani, O.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Studies on the inhibitor-binding site of porcine aldehyde reductase: crystal structure of the holoenzyme-inhibitor ternary complex.
著者: el-Kabbani, O. / Carper, D.A. / McGowan, M.H. / Devedjiev, Y. / Rees-Milton, K.J. / Flynn, T.G.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of Porcine Aldehyde Reductase Holoenzyme
著者: El-Kabbani, O. / Judge, K. / Ginell, S.L. / Myles, D.A. / Delucas, L.J. / Flynn, T.G.
履歴
登録1997年3月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDEHYDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6853
ポリマ－36,5841
非ポリマー1,1012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.800, 67.800, 245.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 ALDEHYDE REDUCTASE / ALR1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 36583.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: KIDNEY / 組織: MEDULLA, CORTEX / 参照: UniProt: P50578, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-TOL / TOLRESTAT / トルレスタット


分子量: 357.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14F3NO3S / コメント: 阻害剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
解説: THE POSITION OF BOUND INHIBITOR WAS DETERMINED FROM A DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP.
結晶化pH: 8.9 / 詳細: BUFFERED AMMONIUM SULFATE SOLUTION, PH 8.9
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 mg/mlprotein1drop
25 mM2-mercaptoethanol1reservoir
35 mMTris-HCl1reservoir
449 mMNADPH1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 13319 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 21.2
反射
*PLUS
Num. all: 14296 / Num. measured all: 91887

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE-FOURIER
開始モデル: PORCINE ALDEHYDE REDUCTASE IN COMPLEX WITH COENZYME

解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.19 --
obs0.19 10907 86 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数324 0 72 0 396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29 588 -
obs--35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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