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万見
- PDB-1adu: EARLY E2A DNA-BINDING PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1adu
タイトルEARLY E2A DNA-BINDING PROTEIN
要素ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / SSDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA strand displacement replication / viral DNA genome replication / positive regulation of DNA replication / viral capsid / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Single-stranded Dna-binding Protein, domain 1 / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain / Adenovirus Single-stranded DNA-binding Protein; domain 2 / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily/Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain / Adenovirus DNA-binding, all-alpha domain / Adenovirus DNA-binding, zinc-binding domain / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain superfamily / DNA-binding protein, Adenovirus ...Adenovirus Single-stranded Dna-binding Protein, domain 1 / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain / Adenovirus Single-stranded DNA-binding Protein; domain 2 / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily/Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain / Adenovirus DNA-binding, all-alpha domain / Adenovirus DNA-binding, zinc-binding domain / Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily / Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain superfamily / DNA-binding protein, Adenovirus / Viral DNA-binding protein, all alpha domain / Viral DNA-binding protein, zinc binding domain / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Tucker, P.A. / Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D. / Van Der Vliet, P.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Alternative arrangements of the protein chain are possible for the adenovirus single-stranded DNA binding protein.
著者: Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D. / van der Vliet, P.C. / Tucker, P.A.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of the Adenovirus DNA Binding Protein Reveals a Hook-on Model for Cooperative DNA Binding
著者: Tucker, P.A. / Tsernoglou, D. / Tucker, A.D. / Coenjaerts, F.E. / Leenders, H. / Van Der Vliet, P.C.
履歴
登録1995年5月11日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_conn / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN
B: ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0616
ポリマ－79,7992
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.000, 91.200, 149.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE MOLECULES FORM CHAINS ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC Z AXIS. PAIRS OF MOLECULES IN THE CHAIN ARE RELATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC SCREW AXIS.

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要素

#1: タンパク質 ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN / ADDBP


分子量: 39899.746 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 174 - 529 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SECOND CRYSTAL FORM, DATA COLLECTED AT 293 K
由来: (天然) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / Cell: INFECTED HELA CELLS / 生物種: Human adenovirus C / 参照: UniProt: P03265
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5 %protein1drop
213 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月27日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 17172 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.168
反射
*PLUS
Num. measured all: 73641
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.496

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 -10 %
Rwork0.201 --
obs0.201 14986 86.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 35.45 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4530 0 4 0 4534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.318
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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