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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aco | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH TRANSACONITATE BOUND | |||||||||
![]() | ACONITASE | |||||||||
![]() | LYASE(CARBON-OXYGEN) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Citric acid cycle (TCA cycle) / aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / citrate metabolic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / Mitochondrial protein degradation / tricarboxylic acid cycle / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding ...Citric acid cycle (TCA cycle) / aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / citrate metabolic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / Mitochondrial protein degradation / tricarboxylic acid cycle / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Stout, C.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of aconitase with trans-aconitate and nitrocitrate bound. 著者: Lauble, H. / Kennedy, M.C. / Beinert, H. / Stout, C.D. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Aconitase with Isocitrate and Nitroisocitrate Bound 著者: Lauble, H. / Kennedy, M.C. / Beinert, H. / Stout, C.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 404.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 325 IS A CIS PROLINE. / 2: SEE REMARK 6. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82747.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: seeding | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. all: 59472 / Num. obs: 54306 / % possible obs: 91.3 % / Num. measured all: 195408 / Rmerge(I) obs: 0.045 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.168 / Rfactor obs: 0.168 / 最高解像度: 2.05 Å 詳細: THE DENSITY FOR THE FOLLOWING REGIONS IS WEAK AND THE FINAL REBUILDING STEPS USED STEREOCHEMICAL CONSIDERATIONS - N-TERMINAL PCA ILE 433 THROUGH GLU 437 THR 488 THROUGH LYS 494 LYS 522 ...詳細: THE DENSITY FOR THE FOLLOWING REGIONS IS WEAK AND THE FINAL REBUILDING STEPS USED STEREOCHEMICAL CONSIDERATIONS - N-TERMINAL PCA ILE 433 THROUGH GLU 437 THR 488 THROUGH LYS 494 LYS 522 THROUGH GLN 527 C-TERMINAL GLN 752 THROUGH LYS 754 RESIDUE 647 IS ARG FROM THE DNA SEQUENCE, (H. ZALKIN, PRIVATE COMMUNICATION) BUT CANNOT BE ACCOMMODATED AS SUCH IN THE STRUCTURE. IT HAS BEEN MODELED AS SER, BASED ON THE EXTENT OF THE SIDE CHAIN DENSITY. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.05 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 52110 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.02 |