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万見
- PDB-1abv: N-TERMINAL DOMAIN OF THE DELTA SUBUNIT OF THE F1F0-ATP SYNTHASE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1abv
タイトルN-TERMINAL DOMAIN OF THE DELTA SUBUNIT OF THE F1F0-ATP SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素DELTA SUBUNIT OF THE F1F0-ATP SYNTHASE
キーワードATP SYNTHESIS / ATP SYNTHASE / F1-ATPASE / DELTA SUBUNIT / NMR SPECTROSCOPY
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of the delta subunit of the F1F0-ATP synthase / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / Peroxidase; domain 1 / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / DG, SA, MD
データ登録者Wilkens, S. / Dunn, S.D. / Chandler, J. / Dahlquist, F.W. / Capaldi, R.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the N-terminal domain of the delta subunit of the E. coli ATPsynthase.
著者: Wilkens, S. / Dunn, S.D. / Chandler, J. / Dahlquist, F.W. / Capaldi, R.A.
履歴
登録1997年1月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DELTA SUBUNIT OF THE F1F0-ATP SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6771
ポリマ－14,6771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 30ALL
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 DELTA SUBUNIT OF THE F1F0-ATP SYNTHASE


分子量: 14676.533 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PJC1 / 遺伝子 (発現宿主): UNCH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MM294 AND 594 / 参照: UniProt: P0ABA4, EC: 3.6.1.34

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D NOESY-HSMQC
1213D TOCSY-HSMQC
1313D C(CO)NH
1413D H(CCO)NH
151SIMULTANEOUS 13C/15N RESOLVED NOESY
161VARIOUS 2D EXPERIMENTS

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試料調製

試料状態pH: 7.2 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE GNGEGN5001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1BRUNGERstructure calculation
精密化手法: DG, SA, MD / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THIS ENTRY CONTAINS THE MINIMIZED AVERAGE OVER 30 FILES. THE AVERAGE RMS DIFFERENCE TO THE MEAN STRUCTURE FOR NON-HYDROGEN ATOMS IS ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THIS ENTRY CONTAINS THE MINIMIZED AVERAGE OVER 30 FILES. THE AVERAGE RMS DIFFERENCE TO THE MEAN STRUCTURE FOR NON-HYDROGEN ATOMS IS 1.25067. THE AVERAGE RMS DIFFERENCE TO THE MEAN STRUCTURE FOR THE BACKBONE IS 0.795004. THE B VALUE FIELD (COLUMNS 61 =66) CONTAINS THE RMS DIFFERENCE FROM THE MEAN.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ALL / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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