PDB-1ab3: RIBOSOMAL PROTEIN S15 FROM THERMUS THERMOPHILUS, NMR, 26 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ab3

タイトル

RIBOSOMAL PROTEIN S15 FROM THERMUS THERMOPHILUS, NMR, 26 STRUCTURES

要素

RIBOSOMAL RNA BINDING PROTEIN S15

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / RRNA-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Berglund, H. / Rak, A. / Serganov, A. / Garber, M. / Hard, T.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the ribosomal RNA binding protein S15 from Thermus thermophilus.
著者: Berglund, H. / Rak, A. / Serganov, A. / Garber, M. / Hard, T.

履歴

登録	1997年2月3日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ab3.cif.gz	760.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ab3.ent.gz	641.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ab3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ab3_validation.pdf.gz	343.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ab3_full_validation.pdf.gz	608.2 KB	表示
XML形式データ	1ab3_validation.xml.gz	78.5 KB	表示
CIF形式データ	1ab3_validation.cif.gz	103.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/1ab3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/1ab3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3dob-1 2fkx-d 4wv7-1 1bh8-d 2dat-d 4wv5-1 3zvy-d 2pxr-d 2krx-d 3kbl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RIBOSOMAL RNA BINDING PROTEIN S15

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	26 / 50	LOWEST ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質	RIBOSOMAL RNA BINDING PROTEIN S15 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 細胞株: BL21 / プラスミド: PET11C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P80378

#1: タンパク質

RIBOSOMAL RNA BINDING PROTEIN S15

分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
細胞株: BL21 / プラスミド: PET11C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P80378

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実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 3D HETERONUCLEAR EXPERIMENTS
NMR実験の詳細	Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N LABELLED S15. IONIC_STRENGTH: 200 MM LICL, 20 MM KH2PO4 PRESSURE: 1 ATM SOLVENT SYSTEM: 90/10 % H2O/D2O

-
試料調製

試料状態	pH: 5 / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DETAILS IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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