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- PDB-1aa5: VANCOMYCIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aa5
タイトルVANCOMYCIN
要素VANCOMYCIN
キーワードANTIBIOTIC / GLYCOPEPTIDE
機能・相同性Vancomycin / ACETIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Loll, P.J. / Bevivino, A.E. / Korty, B.D. / Axelsen, P.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1997
タイトル: Simultaneous Recognition of a Carboxylate-Containing Ligand and an Intramolecular Surrogate Ligand in the Crystal Structure of an Asymmetric Vancomycin Dimer.
著者: Loll, P.J. / Bevivino, A.E. / Korty, B.D. / Axelsen, P.H.
履歴
登録1997年1月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52016年10月19日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANCOMYCIN
B: VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1489
ポリマ－2,3002
非ポリマー8497
水99155
1
A: VANCOMYCIN
ヘテロ分子

B: VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1489
ポリマ－2,3002
非ポリマー8497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-y+1/2,x+1/2,z-1/41
Buried area1370 Å2
ΔGint-32.8 kcal/mol
Surface area2890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.450, 28.450, 65.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2015-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VANCOMYCIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
由来: (合成) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00681, Vancomycin
#2: 多糖 vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 323.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
参照: Vancomycin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][ad621m-1a_1-5_3*C_3*N]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-2-deoxy-Fucp3N]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE MADE OF D-GLUCOSE AND VANCOSAMINE. HERE, VANCOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE TWO LIGANDS (HET) BGC AND RER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化pH: 4.6
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF A 25 MG/ML VANCOMYCIN SOLUTION AND 2.2 M NACL, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 (RESERVOIR BUFFER) AND THEN SUSPENDING THIS DROP OVER THE RESERVOIR. ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF A 25 MG/ML VANCOMYCIN SOLUTION AND 2.2 M NACL, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 (RESERVOIR BUFFER) AND THEN SUSPENDING THIS DROP OVER THE RESERVOIR. CRYSTALS WERE GROWN AT 293 K., VAPOR DIFFUSION - HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112.5 mg/mlvancomycin hydrochloride1drop
21.1 M1dropNaCl
30.05 Msodium acetate1drop
42.2 M1reservoirNaCl
50.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.85
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1996年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→10 Å / Num. obs: 17899 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 100
反射 シェル解像度: 0.89→0.95 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 31.5 / Rsym value: 0.143 / % possible all: 69.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.3 % / Rmerge(I) obs: 0.143

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
MADNESデータ削減
PROCORデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXL-93位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 0.89→4 Å / Num. parameters: 2553 / Num. restraintsaints: 3647 / σ(F): 0
詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT VS. F**2; SIMILAR 1,2 AND 1,3 DISTANCE RESTRAINTS WERE APPLIED TO THE TWO VANCOMYCIN MOLECULES. ALSO, RESTRAINTS WERE IMPOSED TO LIMIT DEVIATIONS OF RINGS AND ...詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT VS. F**2; SIMILAR 1,2 AND 1,3 DISTANCE RESTRAINTS WERE APPLIED TO THE TWO VANCOMYCIN MOLECULES. ALSO, RESTRAINTS WERE IMPOSED TO LIMIT DEVIATIONS OF RINGS AND PEPTIDE BONDS FROM PLANARITY AND DIFFERENCES IN ALONG-BOND COMPONENTS OF ADPS. ADPS FOR SOLVENT WERE RESTRAINED TO BE APPROXIMATELY ISOTROPIC, AND ANTIBUMPING RESTRAINTS WERE USED TO PREVENT SOLVENT WATER MOLECULES FROM VIOLATING MINIMUM CONTACT DISTANCES. CONJUGATE GRADIENT LEAST SQUARES WAS USED FOR MOST OF THE REFINEMENT, WITH BLOCKED LEAST SQUARES AT THE END.
Rfactor反射数%反射
all0.124 17899 -
obs0.124 -80 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 158 / Occupancy sum non hydrogen: 255.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数160 0 50 55 265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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