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- PDB-1aa1: ACTIVATED SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH THE PRODUCT 3-PHOSPHOGL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aa1
タイトルACTIVATED SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH THE PRODUCT 3-PHOSPHOGLYCERATE
要素
  • RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
  • RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYASE (CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Taylor, T.C. / Andersson, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structure of a product complex of spinach ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase.
著者: Taylor, T.C. / Andersson, I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Large Structures at High Resolution: The 1.6 A Crystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase Complexed with 2-Carboxyarabinitol Bisphosphate
著者: Andersson, I.
履歴
登録1997年1月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,25120
ポリマ－269,6658
非ポリマー1,58612
水18,1591008
1
L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
ヘテロ分子

L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN)
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,50240
ポリマ－539,33116
非ポリマー3,17124
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area102510 Å2
ΔGint-473 kcal/mol
Surface area116560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.600, 158.700, 203.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-488-

HOH

21B-622-

HOH

31B-654-

HOH

41H-493-

HOH

51H-656-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0007, 1, -0.000314), (-0.999999, 0.0007, 0.001214), (0.001214, 0.000314, 0.999999)-37.6482, 37.5401, 0.084
2given(-0.999977, -0.000876, 0.006737), (0.00089, -0.999997, 0.002166), (0.006735, 0.002172, 0.999975)-0.2549, 75.2133, 0.0242
3given(-0.001857, -0.999994, 0.00299), (0.999998, -0.001858, -0.000389), (0.000395, 0.00299, 0.999995)37.4344, 37.788, -0.1172

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (LARGE CHAIN) / RUBISCO


分子量: 52777.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE (SMALL CHAIN) / RUBISCO


分子量: 14638.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: Q43832, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID


分子量: 186.057 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1008 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.2
詳細: 14% PEG 4000, 0.2 M NACL, 25 MM HEPES PH 7.8 10 MM MGCL2, 100 MM 3-PHOSPHOGLYCERATE, pH 7.2
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Taylor, T.C., (1996) Nat. Struct. Biol., 3, 95.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150-60 mg/mlprotein1drop
2100 mM3-PGA1drop
314-16 %PEG40001reservoir
40.2 M1reservoirNaCl
525 mMHEPES1reservoir
610 mM1reservoirMgCl2
750 mM1reservoirNaHCO3
80.02 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 107965 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 75
反射
*PLUS
Num. measured all: 799161

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→7 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 3261 3 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 104308 83.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17856 0 92 1008 18956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.667
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.256
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 293 3 %
Rwork0.261 10188 -
obs--67.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WAT.PARAWAT.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PGA.PARAPGA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARB.PARACARB.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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