PDB-1a9l: SOLUTION STRUCTURE OF A SUBSTRATE FOR THE ARCHAEAL PRE-TRNA SPLIC...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 1a9l

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF A SUBSTRATE FOR THE ARCHAEAL PRE-TRNA SPLICING ENDONUCLEASES: THE BULGE-HELIX-BULGE MOTIF, NMR, 12 STRUCTURES

要素

PRE-TRNA BULGE-HELIX-BULGE MOTIF

キーワード

RNA / ARCHAEAL BULGE-HELIX-BULGE MOTIF / PRE-TRNA SPLICING / ARCHAEA / RNA STRUCTURE / RIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Diener, J.L. / Moore, P.B.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998
タイトル: Solution structure of a substrate for the archaeal pre-tRNA splicing endonucleases: the bulge-helix-bulge motif.
著者: Diener, J.L. / Moore, P.B.

履歴

登録	1998年4月7日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月5日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1a9l.cif.gz	324.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1a9l.ent.gz	274.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1a9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1a9l_validation.pdf.gz	326 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1a9l_full_validation.pdf.gz	409.8 KB	表示
XML形式データ	1a9l_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	1a9l_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/1a9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/1a9l	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PRE-TRNA BULGE-HELIX-BULGE MOTIF

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	12 / 65	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: RNA鎖	PRE-TRNA BULGE-HELIX-BULGE MOTIF 分子量: 12317.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE MOLECULE WAS SYNTHESIZED IN VITRO BY T7 POLYMERASE RNA TRANSCRIPTION USING CHEMICALLY SYNTHESIZED DNA OLIGONUCLEOTIDES AS TEMPLATES

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: SEE JRNL REFERENCE

-
試料調製

試料状態

Conditions-ID	pH	温度 (K)
1	7	283 K
2	7	303 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITY	Varian	UNITY	500	1
GE UNITYPLUS	GE	UNITYPLUS	600	2
GE OMEGA	GE	OMEGA	600	3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.851	モデル構築
X-PLOR	3.851	精密化
X-PLOR	3.851	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
X-PLOR	3.851		構造決定
CNS			構造決定

精密化

手法: TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE. X-PLOR 3.851 ALSO WAS USED.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 65 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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