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- PDB-1a93: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE C-MYC-MAX HETERODIMERIC LEUCINE ZIP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a93
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE C-MYC-MAX HETERODIMERIC LEUCINE ZIPPER, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • MAX PROTEIN
  • MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
キーワードLEUCINE ZIPPER / 2D NMR / SOLUTION STRUCTURE / H-BONDS / BURIED SALT BRIDGE / PROTO-ONCOGENE / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional Regulation by E2F6 / Mad-Max complex / SCF ubiquitin ligase complex binding / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Myc-Max complex / RNA polymerase II transcription repressor complex / regulation of cell cycle process / regulation of somatic stem cell population maintenance / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters ...Transcriptional Regulation by E2F6 / Mad-Max complex / SCF ubiquitin ligase complex binding / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Myc-Max complex / RNA polymerase II transcription repressor complex / regulation of cell cycle process / regulation of somatic stem cell population maintenance / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of cell division / negative regulation of monocyte differentiation / transcription regulator activator activity / response to growth factor / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / fibroblast apoptotic process / cellular response to peptide hormone stimulus / regulation of telomere maintenance / Regulation of NFE2L2 gene expression / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / protein-DNA complex disassembly / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Signaling by ALK / E-box binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / MLL1 complex / response to axon injury / chromosome organization / Cyclin E associated events during G1/S transition / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of fibroblast proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to starvation / positive regulation of epithelial cell proliferation / transcription coregulator binding / response to gamma radiation / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / MAPK6/MAPK4 signaling / response to insulin / PML body / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to UV / MAPK cascade / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to xenobiotic stimulus / retina development in camera-type eye / cellular response to hypoxia / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / response to xenobiotic stimulus / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / dendrite / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / Myc amino-terminal region / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc proto-oncogene protein / Protein max
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lavigne, P. / Crump, M.P. / Gagne, S.M. / Hodges, R.S. / Kay, C.M. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Insights into the mechanism of heterodimerization from the 1H-NMR solution structure of the c-Myc-Max heterodimeric leucine zipper.
著者: Lavigne, P. / Crump, M.P. / Gagne, S.M. / Hodges, R.S. / Kay, C.M. / Sykes, B.D.
履歴
登録1998年4月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
B: MAX PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6202
ポリマ－7,6202
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 40LEAST RESTRAINT VIOLATION ONLY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN / COILED COIL / LZ


分子量: 3837.432 Da / 分子数: 1 / 断片: HETERODIMERIC LEUCINE ZIPPER / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BOTH C-MYC (CHAIN A) AND MAX (CHAIN B) HAVE A NON-BIOLOGICAL CGG LINKER AT THE N-TERMINUS OF THE PROTEIN
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01106
#2: タンパク質・ペプチド MAX PROTEIN / COILED COIL / LZ


分子量: 3782.279 Da / 分子数: 1 / 断片: HETERODIMERIC LEUCINE ZIPPER / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BOTH C-MYC (CHAIN A) AND MAX (CHAIN B) HAVE A NON-BIOLOGICAL CGG LINKER AT THE N-TERMINUS OF THE PROTEIN
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P28574

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H 2D NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: WATER
試料状態イオン強度: 10mM / pH: 4.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VXR 500VarianVXR 5005001
Varian UNITY 600VarianUNITY 6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION ONLY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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