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- PDB-1a8t: METALLO-BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH L-159,061 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a8t
タイトルMETALLO-BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH L-159,061
要素METALLO-BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / ZINC / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-061 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Fitzgerald, P.M.D. / Toney, J.H. / Grover, N. / Vanderwall, D.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1998
タイトル: Antibiotic sensitization using biphenyl tetrazoles as potent inhibitors of Bacteroides fragilis metallo-beta-lactamase.
著者: Toney, J.H. / Fitzgerald, P.M. / Grover-Sharma, N. / Olson, S.H. / May, W.J. / Sundelof, J.G. / Vanderwall, D.E. / Cleary, K.A. / Grant, S.K. / Wu, J.K. / Kozarich, J.W. / Pompliano, D.L. / Hammond, G.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Unanticipated Inhibition of the Metallo-Beta-Lactamase from Bacteroides Fragilis by 4-Morpholineethanesulfonic Acid (Mes): A Crystallographic Study at 1.85-A Resolution
著者: Fitzgerald, P.M. / Wu, J.K. / Toney, J.H.
#2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997
タイトル: High-Yield Expression, Purification, and Characterization of Active, Soluble Bacteroides Fragilis Metallo-Beta-Lactamase, Ccra
著者: Toney, J.H. / Wu, J.K. / Overbye, K.M. / Thompson, C.M. / Pompliano, D.L.
履歴
登録1998年3月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLO-BETA-LACTAMASE
B: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4897
ポリマ－50,7752
非ポリマー7145
水3,297183
1
A: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9714
ポリマ－25,3881
非ポリマー5833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5183
ポリマ－25,3881
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.360, 170.230, 40.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 METALLO-BETA-LACTAMASE / CLASS B BETA-LACTAMASE


分子量: 25387.666 Da / 分子数: 2 / 変異: A171T, D208N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: TAL3636 / 遺伝子: CCRA / Variant: CLINICAL ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25910, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-061 / 2-BUTYL-6-HYDROXY-3-[2'-(1H-TETRAZOL-5-YL)-BIPHENYL-4-YLMETHYL]-3H-QUINAZOLIN-4-ONE / L-159,061 / L-151061


分子量: 452.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24N6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化pH: 6.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMsodium cacodylate1reservoir
2100 mM1reservoirNaCl
310 mMsodium acetate1reservoir
428 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年2月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 12599 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.93 % / Biso Wilson estimate: 19.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 53.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.8 % / Num. unique obs: 1468

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解析

ソフトウェア
名称分類
MERLOT位相決定
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A7T

1a7t


解像度: 2.55→10 Å / 交差検証法: EX POST FACTO / σ(F): 1
詳細: THE VALUE OF R-FREE WAS NOT MONITORED DURING THE COURSE OF REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 1233 10 %RANDOM
obs0.181 12328 75 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 0 38 183 3735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0430.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0450.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.5951
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.0491.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.5231
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.911.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2090.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2610.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3330.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3010.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.720
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.55 Å / 最低解像度: 2.66 Å / Num. reflection obs: 952 / Rfactor obs: 0.188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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