+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a8l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PROTEIN DISULFIDE OXIDOREDUCTASE FROM ARCHAEON PYROCOCCUS FURIOSUS | ||||||
![]() | PROTEIN DISULFIDE OXIDOREDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PDI / THIOREDOXIN FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, B. / Tibbelin, G. / Pascale, D. / Rossi, M. / Bartolucci, S. / Ladenstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A protein disulfide oxidoreductase from the archaeon Pyrococcus furiosus contains two thioredoxin fold units. 著者: Ren, B. / Tibbelin, G. / de Pascale, D. / Rossi, M. / Bartolucci, S. / Ladenstein, R. #1: ![]() タイトル: Erratum. A Protein Disulfide Oxidoreductase from the Archaeon Pyrococcus Furiosus Contains Two Thioredoxin Fold Units 著者: Ren, B. / Tibbelin, G. / De Pascale, D. / Rossi, M. / Bartolucci, S. / Ladenstein, R. #2: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Structure Analysis of a Hyperthermostable Thioltransferase from the Archaeon Pyrococcus Furiosus 著者: Ren, B. / Tibbelin, G. / Pascale, D. / Rossi, M. / Bartolucci, S. / Ladenstein, R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 44.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 362.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 365.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25812.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 20703 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 96 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.1984 |