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- PDB-1a7y: CRYSTAL STRUCTURE OF ACTINOMYCIN D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ACTINOMYCIN D
要素ACTINOMYCIN D
キーワードANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN / ANTITUMOR / ANTICANCER / CHROMOPHORE / DEPSIPEPTIDE
機能・相同性Actinomycin D / ETHYL ACETATE / METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
手法X線回折 / AB INITIO / 解像度: 0.94 Å
データ登録者Schafer, M. / Sheldrick, G.M. / Bahner, I. / Lackner, H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structures of Actinomycin D and Actinomycin Z3.
著者: Schafer, M. / Sheldrick, G.M. / Bahner, I. / Lackner, H.
履歴
登録1998年3月19日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52018年3月7日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _diffrn_source.source / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.62019年11月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTINOMYCIN D
B: ACTINOMYCIN D
C: ACTINOMYCIN D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,52311
ポリマ－3,8743
非ポリマー6498
水00
1
A: ACTINOMYCIN D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6445
ポリマ－1,2911
非ポリマー3524
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2911
ポリマ－1,2911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ACTINOMYCIN D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5885
ポリマ－1,2911
非ポリマー2964
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)15.737, 15.887, 25.156
Angle α, β, γ (deg.)85.93, 86.19, 69.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ACTINOMYCIN D / DACTINOMYCIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1291.446 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PXZ)
由来: (天然) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00228, Actinomycin D
#2: 化合物
ChemComp-EEE / ETHYL ACETATE / 酢酸エチル


分子量: 88.105 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
構成要素の詳細ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 18 %
結晶化pH: 5 / 詳細: PH 5.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
一般名: ethyl acetate/methanol

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年11月3日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.94→999 Å / Num. obs: 14126 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.38 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 0.94→1.05 Å / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 95014

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 最高解像度: 0.94 Å / Num. parameters: 2875 / Num. restraintsaints: 3689 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: NO RESTRAINTS ON DISTANCES AND ANGLES
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.039
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.068 1401 9.9 %RANDOM
all0.057 14126 --
obs0.058 -95.1 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 318 / Occupancy sum non hydrogen: 314
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 0.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数270 0 44 0 314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.163
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.575
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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