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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7x | ||||||
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タイトル | FKBP12-FK1012 COMPLEX | ||||||
![]() | FKBP12 | ||||||
![]() | ISOMERASE / IMMUNOPHILIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / terminal cisterna ...macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / I-SMAD binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / protein maturation by protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / 'de novo' protein folding / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / FK506 binding / mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / regulation of immune response / protein peptidyl-prolyl isomerization / heart morphogenesis / supramolecular fiber organization / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / T cell activation / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / peptidylprolyl isomerase / sarcoplasmic reticulum / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium ion transmembrane transport / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of protein localization / protein folding / positive regulation of protein binding / protein refolding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schultz, L.W. / Clardy, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chemical inducers of dimerization: the atomic structure of FKBP12-FK1012A-FKBP12. 著者: Schultz, L.W. / Clardy, J. #1: ![]() タイトル: Atomic Structure of Fkbp-Fk506, an Immunophilin-Immunosuppressant Complex 著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Karplus, P.A. / Schreiber, S.L. / Clardy, J. #2: ![]() タイトル: Molecular Cloning and Overexpression of the Human Fk506-Binding Protein Fkbp 著者: Standaert, R.F. / Galat, A. / Verdine, G.L. / Schreiber, S.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fkfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11836.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FKA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: A 10MG/ML SOLUTION OF FK1012A IN MEOH WAS ADDED IN A 1:2 MOLAR RATIO TO A 10MG/ML SOLUTION OF FKBP12 IN 10MM TRIS PH 8.2. THE SAMPLE WAS GENTLY MIXED AND ALLOWED TO INCUBATE OVERNIGHT TO ...詳細: A 10MG/ML SOLUTION OF FK1012A IN MEOH WAS ADDED IN A 1:2 MOLAR RATIO TO A 10MG/ML SOLUTION OF FKBP12 IN 10MM TRIS PH 8.2. THE SAMPLE WAS GENTLY MIXED AND ALLOWED TO INCUBATE OVERNIGHT TO ENSURE COMPLETE BINDING. CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD WITH 0.5ML RESERVOIR CONSISTING OF 5.1M SODIUM FORMATE AND 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6. THE DROPS CONSISTED OF 3UL OF PROTEIN AND 3UL OF RESERVOIR SOLUTION., vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 5.1-8.2 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contains equal volume of the reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 15896 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.046 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FKF 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |