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- PDB-1a7l: DOMINANT B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7l
タイトルDOMINANT B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS IN THE FORM OF AN INSERTED PEPTIDE SEGMENT IN MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN
要素MALE-B363
キーワードTRANSPORT / PRES2 / EPITOPE / HEPATITIS B / MALTOSE-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Saul, F.A. / Vulliez-Lenormand, B. / Lema, F. / Bentley, G.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a dominant B-cell epitope from the preS2 region of hepatitis B virus in the form of an inserted peptide segment in maltodextrin-binding protein.
著者: Saul, F.A. / Vulliez-le Normand, B. / Lema, F. / Bentley, G.A.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1997
タイトル: Maltodextrin-Binding Protein Hybrids Carrying Epitopes from the Pres2 Region of Hepatitis B Virus: Expression, Antibody-Binding and Preliminary Crystallographic Studies
著者: Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Martineau, P. / Lema, F. / Hofnung, M. / Bentley, G.A.
履歴
登録1998年3月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月2日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALE-B363
B: MALE-B363
C: MALE-B363
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9776
ポリマ－127,9513
非ポリマー1,0273
水86548
1
A: MALE-B363
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9922
ポリマ－42,6501
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MALE-B363
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9922
ポリマ－42,6501
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MALE-B363
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9922
ポリマ－42,6501
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
A: MALE-B363
ヘテロ分子

B: MALE-B363
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9854
ポリマ－85,3002
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area28900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.600, 71.300, 123.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.73069, 0.634786, -0.251274), (-0.631036, 0.76844, 0.106271), (0.260548, 0.080911, 0.962064)-28.9222, -8.4477, -8.5446
2given(0.887602, 0.188515, -0.420268), (0.172008, 0.710748, 0.682092), (0.42729, -0.677716, 0.598435)25.051, -66.3384, 4.4872
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THREE INDEPENDENT MOLECULES OF MALE-B363. EACH IS ASSOCIATED WITH A BOUND MOLECULE OF MALTOSE SUBSTRATE. THE FOLLOWING CHAIN IDENTIFIERS ARE USED: CHAIN A, MALE-B363 MOLECULE 1; CHAIN B, MALE-B363 MOLECULE 2; CHAIN C, MALE-B363 MOLECULE 3; CHAIN D, HET GROUP ASSOCIATED WITH MOLECULE 1; CHAIN E, HET GROUP ASSOCIATED WITH MOLECULE 2; CHAIN F, HET GROUP ASSOCIATED WITH MOLECULE 3; CHAIN X, SOLVENTS ASSOCIATED WITH MOLECULE 1; CHAIN Y, SOLVENTS ASSOCIATED WITH MOLECULE 2; CHAIN Z, SOLVENTS ASSOCIATED WITH MOLECULE 3.

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要素

#1: タンパク質 MALE-B363


分子量: 42650.176 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 株: ED9 / 遺伝子: MBP MUTANT / プラスミド: PPD91-(DERIVATIVE) / 遺伝子 (発現宿主): MBP MUTANT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MALE-B363 IS AN INSERTION/DELETION MUTANT OF THE E. COLI MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MBP) ...MALE-B363 IS AN INSERTION/DELETION MUTANT OF THE E. COLI MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MBP) CARRYING THE AMINO-ACID SEQUENCE OF A B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF THE HEPATITIS B VIRUS SURFACE ANTIGEN. AMINO ACIDS BELONGING TO THE PRES2 EPITOPE ARE DESIGNATED 132E TO 145E (POSITIONS 132-145 OF THE VIRAL SURFACE ANTIGEN). RESIDUES DESIGNATED 364I, 365I, AND 380I-389I, WHICH FLANK THE EPITOPE SEGMENT, RESULT FROM THE GENETIC CONSTRUCTION USED TO PERMIT THE INSERTION. NUMBERING OF THE INSERTED SEQUENCE IS THUS 364I, 365I, 132E TO 145E, AND 380I TO 389I. THESE RESIDUES REPLACE WILD-TYPE MBP RESIDUES FROM POSITIONS 364 - 370. THE NUMBERING OF MBP RESIDUES IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE SEQUENCE POSITIONS OF WILD-TYPE MBP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 3.0MG/ML, BUFFER 0.1M TRIS-HCL PH 8.5 WITH 0.2 M MGCL2, 1 MM MALTOSE, 26% PEG 4000.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Vulliez-Le Normand, B., (1997) Protein Eng., 10, 175.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.0 mg/mlprotein1drop
226 %PEG40001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
41 mMmaltose1reservoir
50.2 M1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. obs: 24492 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 90
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 2146 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
MARSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MBP RESIDUES 4 - 362 (PDB ENTRY 1ANF)

1anf


解像度: 2.9→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 592 2.5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 23877 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8637 0 69 48 8754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.183
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 89 2.96 %
Rwork0.248 2658 -
obs--91.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.MALTOPOL.MAL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.15
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.357 / Rfactor Rwork: 0.248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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