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万見
- PDB-1a7b: ENGINEERING A MISFOLDED FORM OF CD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7b
タイトルENGINEERING A MISFOLDED FORM OF CD2
要素CD2
キーワードDOMAIN SWAPPING / CD2 / OLIGOMERIZATION / PROTEIN FOLDING / PROTEIN EVOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell activation / heterotypic cell-cell adhesion / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-8 production / cell-cell adhesion / receptor tyrosine kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell junction ...natural killer cell activation / heterotypic cell-cell adhesion / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-8 production / cell-cell adhesion / receptor tyrosine kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell junction / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein kinase binding / cell surface / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell surface antigen CD2 / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...T-cell surface antigen CD2 / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface antigen CD2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Murray, A.J. / Head, J.G. / Barker, J.J. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Engineering an intertwined form of CD2 for stability and assembly.
著者: Murray, A.J. / Head, J.G. / Barker, J.J. / Brady, R.L.
履歴
登録1998年3月10日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD2
B: CD2
C: CD2
D: CD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5934
ポリマ－43,5934
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: CD2
B: CD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7972
ポリマ－21,7972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
3
C: CD2
D: CD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7972
ポリマ－21,7972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.270, 80.030, 80.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.7508, -0.4638, 0.4704), (-0.4673, -0.1304, -0.8744), (0.4669, -0.8763, -0.1188)
ベクター: 4.5613, 29.9868, 27.2894)

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要素

#1: タンパク質
CD2


分子量: 10898.259 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAIN 1 / 変異: DEL(M46, K47) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: T-LYMPHOCYTES / プラスミド: PGEX-2T / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P08921

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.8 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE 2% PEG 400, 0.1M HEPES, PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 Mammonium sulfate1reservoir
22 %PEG4001reservoir
310 %glycerol1reservoir
40.1 MNaHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. obs: 10589 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.89 % / Biso Wilson estimate: 48.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 99
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HNG

1hng


解像度: 3.1→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.0035 / Data cutoff high absF: 3.1 / Data cutoff low absF: 10 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 7845 5 %RANDOM
Rwork0.2389 ---
obs0.2389 7705 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 0 0 2956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.272
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3375 54 14.94 %
Rwork0.2513 807 -
obs--98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1TOPPAR:PARHCSDX.PROTOPPAR:TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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