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- PDB-1a6v: B1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) aceta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a6v
タイトルB1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) acetate compound
要素
  • B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
  • B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / HAPTEN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NPC / Ig lambda-1 chain V regions MOPC 104E/RPC20/J558/S104 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Simon, T. / Henrick, K. / Hirshberg, M. / Winter, G.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Structures of Fv Fragment and its (4-Hydroxy-3-Nitrophenyl)Acetate Complex of Murine B1-8 Antibody
著者: Simon, T. / Henrick, K. / Hirshberg, M. / Winter, G.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1992
タイトル: A Functional Antibody Mutant with an Insertion in the Framework Region 3 Loop of the Vh Domain: Implications for Antibody Engineering
著者: Simon, T. / Rajewsky, K.
履歴
登録1998年3月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年8月14日Group: Other / Structure summary
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / software / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
H: B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
M: B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
I: B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
N: B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
J: B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1469
ポリマ－75,2186
非ポリマー9283
水8,611478
1
L: B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
H: B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 25.4 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3823
ポリマ－25,0732
非ポリマー3091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
I: B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3823
ポリマ－25,0732
非ポリマー3091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
N: B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
J: B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3823
ポリマ－25,0732
非ポリマー3091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.760, 86.190, 111.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, -0.00024, 0.00286), (0.00019, 0.99984, 0.01772), (-0.00286, -0.01772, 0.99984)-0.21008, -1.86478, -36.92922
2given(0.99991, -0.01302, 0.00326), (0.01308, 0.99972, -0.01969), (-0.003, 0.01973, 0.9998)-0.03115, 2.02331, -37.68118
3given(0.99999, 0.0045, 0.00073), (-0.00454, 0.99828, 0.05844), (-0.00046, -0.05844, 0.99829)-0.17386, -5.8713, -72.93678
4given(0.99994, -0.00968, -0.00554), (0.00955, 0.99969, -0.02294), (0.00576, 0.02289, 0.99972)0.71513, 1.84498, -74.76064
5given(0.99999, 0.00487, -0.00221), (-0.00477, 0.99913, 0.04134), (0.00241, -0.04133, 0.99914)-0.04107, -2.5321, -36.09732
6given(0.99996, 0.00361, -0.00859), (-0.00364, 0.99999, -0.00323), (0.00857, 0.00326, 0.99996)0.40194, -0.30156, -37.08856

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要素

#1: 抗体 B1-8 FV (LIGHT CHAIN)


分子量: 11631.869 Da / 分子数: 3 / 断片: FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 細胞株: J558L / 器官: TAIL / 細胞株 (発現宿主): J558L / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01724
#2: 抗体 B1-8 FV (HEAVY CHAIN)


分子量: 13440.945 Da / 分子数: 3 / 断片: FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 細胞株: J558L / 器官: TAIL / 細胞株 (発現宿主): J558L / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01751
#3: 化合物 ChemComp-NPC / 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION


分子量: 309.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17N2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT

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データ収集

回折平均測定温度: 269 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→9.2 Å / Num. obs: 367775 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
AGROVATA/ROTAVATAデータ削減
MLPHARE位相決定
PROLSQ精密化
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE HAS THREE MOLECULES PER EQUIVALENT POSITION ARRANGED AS A TRANSLATION ALONG THE Z-AXIS SUCH THAT OVERALL THE DIFFRACTION DATA SHOWS WEAK INTENSITIES FOR HKL, L=2N AND THIS ...詳細: THE STRUCTURE HAS THREE MOLECULES PER EQUIVALENT POSITION ARRANGED AS A TRANSLATION ALONG THE Z-AXIS SUCH THAT OVERALL THE DIFFRACTION DATA SHOWS WEAK INTENSITIES FOR HKL, L=2N AND THIS TRANSLATIONAL NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY IS ON CLEARLY BROKEN BY THE DIFFERENT CONFORMATION OF THE TAIL O HAPTEN LIGAND ADOPTED IN EACH OF THE THREE INDEPENDENTLY DETERMINED MOLECULES. THERE ARE ALSO TWO CONFORMATIONS FOUND FOR THE HAPTEN BOUND TO CHAINS L AND H.
Rfactor反射数
Rwork0.296 -
obs-59954
原子変位パラメータBiso mean: 14.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5222 0 66 478 5766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1480.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.83
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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