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- PDB-1a6s: M-DOMAIN FROM GAG POLYPROTEIN OF ROUS SARCOMA VIRUS, NMR, 20 STRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a6s
タイトルM-DOMAIN FROM GAG POLYPROTEIN OF ROUS SARCOMA VIRUS, NMR, 20 STRUCTURES
要素GAG POLYPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / CORE PROTEIN / VIRUS STRUCTURE / MEMBRANE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / nucleic acid binding / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / nucleic acid binding / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. ...Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Mcdonnell, J.M. / Fushman, D. / Cahill, S.M. / Zhou, W. / Wolven, A. / Wilson, C.B. / Nelle, T.D. / Resh, M.D. / Wills, J. / Cowburn, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure and dynamics of the bioactive retroviral M domain from Rous sarcoma virus
著者: McDonnell, J.M. / Fushman, D. / Cahill, S.M. / Zhou, W. / Wolven, A. / Wilson, C.B. / Nelle, T.D. / Resh, M.D. / Wills, J. / Cowburn, D.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1996
タイトル: A Large Region within the Rous Sarcoma Virus Matrix Protein is Dispensable for Budding and Infectivity
著者: Nelle, T.D. / Wills, J.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Htlv-II Matrix Protein and Comparative Analysis of Matrix Proteins from the Different Classes of Pathogenic Human Retroviruses
著者: Christensen, A.M. / Massiah, M.A. / Turner, B.G. / Sundquist, W.I. / Summers, M.F.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: The Solution Structure of the Bovine Leukaemia Virus Matrix Protein and Similarity with Lentiviral Matrix Proteins
著者: Matthews, S. / Mikhailov, M. / Burny, A. / Roy, P.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of Siv Matrix Antigen and Implications for Virus Assembly
著者: Rao, Z. / Belyaev, A.S. / Fry, E. / Roy, P. / Jones, I.M. / Stuart, D.I.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Matrix Protein
著者: Massiah, M.A. / Starich, M.R. / Paschall, C. / Summers, M.F. / Christensen, A.M. / Sundquist, W.I.
履歴
登録1998年3月2日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAG POLYPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1801
ポリマ－9,1801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GAG POLYPROTEIN


分子量: 9179.745 Da / 分子数: 1 / 断片: M-DOMAIN / 変異: M1G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
属: Alpharetrovirus / 生物種: Rous sarcoma virus / 株: PRAGUE C / 細胞株: BL21 / 遺伝子: GAG / プラスミド: PATV-8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): GAG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03322

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-15N)HSQC
121(1H-13C)HSQC
131HSQC-J
1412D AND 3D 15N-NOESY-HMQC AND TOCSY-HMQC
15113C-NOESY-HMQC
161(H)CCH-TOCSY
171HNCA
181HN(CO)CA
191CBCANH
1101CBCA(CO)NH
1111(1H)15N-NOE
1121H2O-SELECTIVE 15N-EDITED NOESY AND ROESY
1131HYDROGEN-DEUTERIUM EXCHANGE
NMR実験の詳細Text: COORDINATES WERE CALCULATED FROM SOLUTION NMR DATA USING THE PROGRAM DYANA.

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試料調製

詳細内容: H20
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
XWINNMRモデル構築
DYANA精密化
XWINNMR精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANAGUNTERT,WUTHRICH精密化
XwinNMR構造決定
XEASY構造決定
DIANA構造決定
DYANA構造決定
THE ECEPP LIBRARY WAS USEDUSED構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE DISTANCE GEOMETRY PROGRAM DYANA. NO FURTHER REFINEMENT WAS PERFORMED. AN ANALYSIS OF THE QUALITY OF STRUCTURES PRODUCED WAS CARRIED OUT USING PROCHECK-NMR.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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