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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a6l | ||||||
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タイトル | T14C MUTANT OF AZOTOBACTER VINELANDII FDI | ||||||
![]() | FERREDOXIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao-Sheridan, H.S. / Kemper, M.A. / Khayat, R. / Armstrong, F.A. / Prasad, G.S. / Sridhar, V. / Stout, C.D. / Burgess, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A T14C variant of Azotobacter vinelandii ferredoxin I undergoes facile [3Fe-4S]0 to [4Fe-4S]2+ conversion in vitro but not in vivo. 著者: Gao-Sheridan, H.S. / Kemper, M.A. / Khayat, R. / Tilley, G.J. / Armstrong, F.A. / Sridhar, V. / Prasad, G.S. / Stout, C.D. / Burgess, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 395.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 398 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6fd1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12061.569 Da / 分子数: 1 / 変異: T14C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: JG100 / 細胞株: JG100 / 細胞株 (発現宿主): JG100 / 発現宿主: ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-F3S / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年1月1日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 8686 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.24 Å / 冗長度: 2.33 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 60 |
反射 | *PLUS % possible obs: 92.5 % / Num. measured all: 33677 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 59.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 6FD1 解像度: 2.1→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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