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- PDB-1a63: THE NMR STRUCTURE OF THE RNA BINDING DOMAIN OF E.COLI RHO FACTOR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a63
タイトルTHE NMR STRUCTURE OF THE RNA BINDING DOMAIN OF E.COLI RHO FACTOR SUGGESTS POSSIBLE RNA-PROTEIN INTERACTIONS, 10 STRUCTURES
要素RHO
キーワードTRANSCRIPTION TERMINATION / TERMINATION / RNA BINDING DOMAIN / TRANSCRIPTION REGULATION / OB FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA-templated transcription termination / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain ...Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain / Cold shock protein domain / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription termination factor Rho / Transcription termination factor Rho
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Briercheck, D.M. / Wood, T.C. / Allison, T.J. / Richardson, J.P. / Rule, G.S.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The NMR structure of the RNA binding domain of E. coli rho factor suggests possible RNA-protein interactions.
著者: Briercheck, D.M. / Wood, T.C. / Allison, T.J. / Richardson, J.P. / Rule, G.S.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the RNA-Binding Domain from Transcription Termination Factor Rho
著者: Allison, T.J. / Wood, T.C. / Briercheck, D.M. / Rastinejad, F. / Richardson, J.P. / Rule, G.S.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1996
タイトル: 1H, 15N and 13C Resonance Assignments and Secondary Structure Determination of the RNA-Binding Domain of E.Coli Rho Protein
著者: Briercheck, D.M. / Allison, T.J. / Richardson, J.P. / Ellena, J.F. / Wood, T.C. / Rule, G.S.
履歴
登録1998年3月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6351
ポリマ－14,6351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 140LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RHO


分子量: 14634.602 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 1 - 130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: BL21 (DE3) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): RHO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03002, UniProt: P0AG30*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY TRIPLE RESONANCE

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試料調製

試料状態pH: 7 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
Felix構造決定
X-PLORBRUNGER構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE GENERATED USING DISTANCE GEOMETRY FOLLOWED BY SIMULATED ANNEALING. THE 10 LOWEST ENERGY STRUCTURES ARE REPORTED. THE RMSD FOR ALL BACKBONE INVOLVED IN SECONDARY STRUCTURE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 140 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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