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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a5t | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DELTA PRIME SUBUNIT OF THE CLAMP-LOADER COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI DNA POLYMERASE III | ||||||
![]() | DELTA PRIME | ||||||
![]() | ZINC FINGER / DNA REPLICATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA polymerase III complex / replisome / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guenther, B. / Onrust, R. / Sali, A. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the delta' subunit of the clamp-loader complex of E. coli DNA polymerase III. 著者: Guenther, B. / Onrust, R. / Sali, A. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J. #1: ![]() タイトル: Structural Studies on the DNA Replication Apparatus: X-Ray Crystal Structure of the Delta-Prime Subunit of Escherichia Coli DNA Polymerase III 著者: Guenther, B.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 369.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36980.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.8 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20-27% PEG 400, 100 MM HEPES, PH6.8, 100 MM MGCL2, 1-3% GLYCEROL, 10MM MGSO4, AT 4C, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 19389 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 93 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.353 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: INFORMATION FOR THE ZINC AND ZN-S INTERACTIONS WERE INCORPORATED INTO THE REFINEMENT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 18759 / Rfactor all: 0.217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.233 |