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- PDB-1a5c: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE FROM PLASMODIUM FALCIPARUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a5c
タイトルFRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE FROM PLASMODIUM FALCIPARUM
要素FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
キーワードLYASE / FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE / MALARIA / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / actin binding / protein homotetramerization / host cell plasma membrane / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kim, H. / Certa, U. / Dobeli, H. / Jakob, P. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphate aldolase from the human malaria parasite Plasmodium falciparum.
著者: Kim, H. / Certa, U. / Dobeli, H. / Jakob, P. / Hol, W.G.
履歴
登録1998年2月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0432
ポリマ－80,0432
非ポリマー00
水00
1
A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE

A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,0874
ポリマ－160,0874
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+4/31
単位格子
Length a, b, c (Å)119.200, 119.200, 132.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99998, 0.000661, -0.006211), (0.00576, -0.286989, -0.957917), (-0.002416, -0.957934, 0.28698)
ベクター: 22.8268, 217.282, 161.5977)

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要素

#1: タンパク質 FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE / PFALDO


分子量: 40021.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14223, fructose-bisphosphate aldolase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: VAPOR DIFFUSION: 2.0 M AMMONIUM SULFATE/5% 2-PROPANOL, pH 7.6, vapor diffusion
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulfate1reservoir
25 %2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9
検出器日付: 1996年10月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 20677 / % possible obs: 94 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.175

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FBA

1fba


解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: TWO-FOLD NCS-RESTRAINTS FOR 4 PGKS AT 2.8 A RESOLUTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 830 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 17162 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5202 0 0 0 5202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.499 66 4.5 %
Rwork0.33 1569 -
obs--93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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