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- PDB-1a57: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HELIX-LESS VARIANT OF INTEST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a57
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HELIX-LESS VARIANT OF INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES
要素INTESTINAL FATTY ACID-BINDING PROTEIN
キーワードFATTY ACID-BINDING / LIPID TRANSPORT / BETA-CLAM / LIPOCALINS
機能・相同性
機能・相同性情報


Triglyceride catabolism / intestinal lipid absorption / apical cortex / intestinal absorption / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / microvillus / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / fatty acid binding ...Triglyceride catabolism / intestinal lipid absorption / apical cortex / intestinal absorption / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / microvillus / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / fatty acid binding / fatty acid metabolic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid-binding protein, intestinal / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, intestinal
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING REFINEMENT
データ登録者Steele, R.A. / Emmert, D.A. / Kao, J. / Hodsdon, M.E. / Frieden, C. / Cistola, D.P.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: The three-dimensional structure of a helix-less variant of intestinal fatty acid-binding protein.
著者: Steele, R.A. / Emmert, D.A. / Kao, J. / Hodsdon, M.E. / Frieden, C. / Cistola, D.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Discrete Backbone Disorder in the Nuclear Magnetic Resonance Structure of Apo Intestinal Fatty Acid-Binding Protein: Implications for the Mechanism of Ligand Entry
著者: Hodsdon, M.E. / Cistola, D.P.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Fatty Acid Interactions with a Helix-Less Variant of Intestinal Fatty Acid-Binding Protein
著者: Cistola, D.P. / Kim, K. / Rogl, H. / Frieden, C.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Intestinal Fatty Acid-Binding Protein: The Structure and Stability of a Helix-Less Variant
著者: Kim, K. / Cistola, D.P. / Frieden, C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The NMR Solution Structure of Intestinal Fatty Acid-Binding Protein Complexed with Palmitate: Application of a Novel Distance Geometry Algorithm
著者: Hodsdon, M.E. / Ponder, J.W. / Cistola, D.P.
履歴
登録1998年2月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTESTINAL FATTY ACID-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1651
ポリマ－13,1651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 23FINAL PENALTY FUNCTION VALUES GREATER THAN 10.0 OR GREATER THAN TWO STANDARD DEVIATIONS FROM THE MEAN WERE OMITTED
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTESTINAL FATTY ACID-BINDING PROTEIN / DELTA17SG / IFABP / I-FABP


分子量: 13164.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HELIX-LESS, COMPLEXED WITH PALMITATE / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 解説: SEE REMARK 1, REFERENCE 3 / Cell: SMALL INTESTINAL ENTEROCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PMON5840-IFABP(DELTA17SG) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
株 (発現宿主): MG1655 / 参照: UniProt: P02693

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113-D 13C-RESOLVED NOESY
1213-D 15N-RESOLVED NOESY
1312-D 1H-HOMONUCLEAR NOESY
1412-D 13C-EDITED NOESY

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試料調製

試料状態pH: 7.2 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TinkerPONDER精密化
Tinker構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE GEOMETRY WAS PERFORMED USING 5% PAIRWISE METRIZATION AND A GAUSSIAN TRIAL DISTRIBUTION FOR THE SELECTION OF DISTANCES USING THE PROGRAM DISTGEOM, A COMPONENT OF THE TINKER MOLECULAR ...詳細: DISTANCE GEOMETRY WAS PERFORMED USING 5% PAIRWISE METRIZATION AND A GAUSSIAN TRIAL DISTRIBUTION FOR THE SELECTION OF DISTANCES USING THE PROGRAM DISTGEOM, A COMPONENT OF THE TINKER MOLECULAR MODELING PACKAGE. EMBEDDED STRUCTURES WERE REFINED VERSUS A PENALTY FUNCTION BASED SOLELY ON THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS AND LOCAL COVALENT GEOMETRY (BOND LENGTHS, ANGLES, CHIRALITY); NO ENERGY-BASED TERMS WERE INCLUDED. DETAILS OF THE CALCULATIONS AND STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE PAPER CITED ON THE JRNL RECORDS ABOVE. THE LOOP FROM RESIDUES 8 - 20 IS ENTIRELY UNRESTRAINED. THIS REGION CONTAINS THE SITE OF THE DELETED HELICES OF I-FABP. CARE SHOULD BE TAKEN WHEN ANALYZING STATISTICS ON THIS MOLECULE AS THIS UNRESTRAINED LOOP WILL ABNORMALLY SKEW ANY RESULTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: FINAL PENALTY FUNCTION VALUES GREATER THAN 10.0 OR GREATER THAN TWO STANDARD DEVIATIONS FROM THE MEAN WERE OMITTED
計算したコンフォーマーの数: 23 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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