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- PDB-1a4y: RIBONUCLEASE INHIBITOR-ANGIOGENIN COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a4y
タイトルRIBONUCLEASE INHIBITOR-ANGIOGENIN COMPLEX
要素
  • ANGIOGENIN
  • RIBONUCLEASE INHIBITOR
キーワードCOMPLEX (INHIBITOR/NUCLEASE) / COMPLEX (INHIBITOR-NUCLEASE) / COMPLEX (RI-ANG) / HYDROLASE MOLECULAR RECOGNITION / EPITOPE MAPPING / LEUCINE-RICH REPEATS / COMPLEX (INHIBITOR-NUCLEASE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA stabilization / ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / signaling / cell communication ...tRNA stabilization / ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / hematopoietic stem cell proliferation / mRNA catabolic process / rRNA transcription / basement membrane / positive regulation of phosphorylation / endocytic vesicle / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / ovarian follicle development / response to hormone / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / stress granule assembly / peptide binding / RNA endonuclease activity / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cell migration / heparin binding / lamellipodium / actin cytoskeleton / chromosome / ribosome binding / actin binding / growth cone / angiogenesis / endonuclease activity / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / rRNA binding / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / P-30 Protein ...Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Alpha-Beta Horseshoe / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiogenin / Ribonuclease inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Molecular recognition of human angiogenin by placental ribonuclease inhibitor--an X-ray crystallographic study at 2.0 A resolution.
著者: Papageorgiou, A.C. / Shapiro, R. / Acharya, K.R.
履歴
登録1998年2月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE INHIBITOR
B: ANGIOGENIN
D: RIBONUCLEASE INHIBITOR
E: ANGIOGENIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1124
ポリマ－128,1124
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area41150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.553, 105.605, 93.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.63908, 0.58117, 0.50381), (0.59165, -0.04709, 0.80482), (0.49145, 0.81242, -0.31375)
ベクター: 10.75084, -16.24662, 11.34353)
詳細THERE ARE TWO COMPLEXES IN THE ASYMMETRIC UNIT (CHAINS A, B, C AND D, E, F). CHAINS A AND D CORRESPOND TO THE INHIBITOR, CHAINS B AND E CORRESPOND TO ANGIOGENIN, AND CHAINS C AND F CORRESPOND TO THE WATER MOLECULES ASSOCIATED WITH THE RESPECTIVE COMPLEX.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE INHIBITOR


分子量: 49887.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLACENTA / プラスミド: PANG2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P13489
#2: タンパク質 ANGIOGENIN


分子量: 14169.036 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLACENTA / プラスミド: PANG2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110
参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
解説: THE POSITION OF ANGIOGENIN WAS LOCATED BY EXAMINATION OF THE ELECTRON DENSITY MAP
結晶化pH: 4.2
詳細: THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 10% PEG4000, 20MM SODIUM CITRATE (PH 4.2), 0.1 AMMONIUM SULPHATE AND 25 MM DTT.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115.6 mg/mlinhibitor1drop
25.0 mg/mlprotein1drop
30.2 Mdithiothreitol1drop
510 %PEG40001reservoir
620 mMsodium citrate1reservoirpH4.2
70.1 Mammonium sulfate1reservoir
825 mMdithiothreitol1reservoir
4glycerol1drop0.0063ml

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 / 波長: 0.87, 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
21.54181
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 72355 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 65.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 158593
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 65.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BNH (PIG RIBONUCLEASE INHIBITOR)

1bnh
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 -5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 72308 86.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8806 0 0 123 8929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.32.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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