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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a4q | ||||||
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タイトル | INFLUENZA VIRUS B/BEIJING/1/87 NEURAMINIDASE COMPLEXED WITH DIHYDROPYRAN-PHENETHYL-PROPYL-CARBOXAMIDE | ||||||
![]() | NEURAMINIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / GLYCOSYLATED PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cleasby, A. / Singh, O. / Skarzynski, T. / Wonacott, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dihydropyrancarboxamides related to zanamivir: a new series of inhibitors of influenza virus sialidases. 2. Crystallographic and molecular modeling study of complexes of 4-amino-4H- ...タイトル: Dihydropyrancarboxamides related to zanamivir: a new series of inhibitors of influenza virus sialidases. 2. Crystallographic and molecular modeling study of complexes of 4-amino-4H-pyran-6-carboxamides and sialidase from influenza virus types A and B. 著者: Taylor, N.R. / Cleasby, A. / Singh, O. / Skarzynski, T. / Wonacott, A.J. / Smith, P.W. / Sollis, S.L. / Howes, P.D. / Cherry, P.C. / Bethell, R. / Colman, P. / Varghese, J. #1: ![]() タイトル: The 2.2 A Resolution Crystal Structure of Influenza B Neuraminidase and its Complex with Sialic Acid 著者: Burmeister, W.P. / Ruigrok, R.W. / Cusack, S. #2: ![]() タイトル: Sequence and Crystallization of Influenza Virus B/Beijing/1/87 Neuraminidase 著者: Burmeister, W.P. / Daniels, R.S. / Dayan, S. / Gagnon, J. / Cusack, S. / Ruigrok, R.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 524 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 534.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.25, 0.433, -0.866), |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43429.254 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 76-465 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus B / 生物種: Influenza B virus / 株: B/Beijing/1/87 / 参照: UniProt: P27907, exo-alpha-sialidase #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: seeding / PH range low: 8 / PH range high: 7.5 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→34 Å / Num. obs: 208669 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 | *PLUS Num. obs: 77084 / Num. measured all: 208669 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: 1NSC 解像度: 1.9→34 Å 詳細: THE TWO MONOMERS IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT HAVE BEEN REFINED INDEPENDENTLY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.286 |