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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a3h | ||||||
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タイトル | ENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHERANS AT 1.6A RESOLUTION | ||||||
要素 | ENDOGLUCANASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / ENDOGLUCANASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 5 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus agaradhaerens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, G.J. / Brzozowski, A.M. / Andersen, K. / Schulein, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure of the Bacillus agaradherans family 5 endoglucanase at 1.6 A and its cellobiose complex at 2.0 A resolution 著者: Davies, G.J. / Dauter, M. / Brzozowski, A.M. / Bjornvad, M.E. / Andersen, K.V. / Schulein, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a3h.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a3h.ent.gz | 60.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/1a3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/1a3h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33653.746 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus agaradhaerens (バクテリア) 株: AC13 / プラスミド: THERMAMYL-AMYLASE PROMOTER SYSTEM / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306 / 参照: UniProt: O85465, cellulase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE FIRST 3 RESIDUES ARE DISORDERED SO IT STARTS WITH RESIDUE SER 4. THIS THE NATURALLY OCCURRING ...THE FIRST 3 RESIDUES ARE DISORDERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月1日 / 詳細: LONG MIRRORS (MSC) |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→15 Å / Num. obs: 222447 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 30.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.64 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 98.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.57→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: ESTIMATED COORDINATE ERROR. ESD FROM SIGMAA (A) : 0.013 LOW RESOLUTION CUTOFF (A) : 15 FIT/AGREEMENT OF MODEL WITH ALL DATA. R VALUE (WORKING + TEST SET, NO CUTOFF) : NULL R VALUE (WORKING ...詳細: ESTIMATED COORDINATE ERROR. ESD FROM SIGMAA (A) : 0.013 LOW RESOLUTION CUTOFF (A) : 15 FIT/AGREEMENT OF MODEL WITH ALL DATA. R VALUE (WORKING + TEST SET, NO CUTOFF) : NULL R VALUE (WORKING SET, NO CUTOFF) : 0.12888 FREE R VALUE (NO CUTOFF) : 0.16078
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 15 Å / Luzzati sigma a obs: 0.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |