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万見
- PDB-1a36: TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a36
タイトルTOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*A P*TP*TP*TP*TP*T)- 3')
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*C P*TP*TP*TP*TP*T)- 3')
  • TOPOISOMERASE I
キーワードISOMERASE/DNA / COMPLEX (ISOMERASE-DNA) / DNA / TOPOISOMERASE I / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation / P-body / circadian regulation of gene expression / protein-DNA complex / fibrillar center / circadian rhythm / single-stranded DNA binding / peptidyl-serine phosphorylation / chromosome / double-stranded DNA binding / perikaryon / DNA replication / chromatin remodeling / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #10 / : / DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain ...Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #10 / : / DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain / Topoisomerase I C-terminal domain / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type, N-terminal domain superfamily / : / Eukaryotic DNA topoisomerase I, DNA binding fragment / C-terminal topoisomerase domain / DNA Topoisomerase I (eukaryota) / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Beta Complex / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stewart, L. / Redinbo, M.R. / Qiu, X. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: A model for the mechanism of human topoisomerase I.
著者: Stewart, L. / Redinbo, M.R. / Qiu, X. / Hol, W.G. / Champoux, J.J.
履歴
登録1998年1月29日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*A P*TP*TP*TP*TP*T)- 3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*C P*TP*TP*TP*TP*T)- 3')
A: TOPOISOMERASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5193
ポリマ－83,5193
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.500, 118.400, 71.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*A P*TP*TP*TP*TP*T)- 3')


分子量: 6790.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*C P*TP*TP*TP*TP*T)- 3')


分子量: 6705.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 TOPOISOMERASE I


分子量: 70022.859 Da / 分子数: 1 / Fragment: CORE DOMAIN AND C-TERMINAL DOMAIN / Mutation: Y723F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11387, EC: 5.99.1.2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細NOTE THAT RESIDUES 174 - 214 AND 634 - 640 OF CHAIN A ARE DISORDERED AND ARE NOT PRESENT IN THE ...NOTE THAT RESIDUES 174 - 214 AND 634 - 640 OF CHAIN A ARE DISORDERED AND ARE NOT PRESENT IN THE MODEL. 1-22 OF CHAIN C COMPRISE THE SCISSILE STRAND OF THE DNA, 101-122 OF CHAIN D THE INTACT DNA STRAND. TER PHE 765 A IS THE C-TERMINAL RESIDUE OF THE 70 KDA FRAGMENT OF HUMAN TOPO I. THY 22 C IS THE 3' TERMINAL NUCLEOTIDE ON THE SCISSILE STRAND OF THE DNA DUPLEX. THY 122 D IS THE 3' TERMINAL NUCLEOTIDE ON THE INTACT STRAND OF THE DNA DUPLEX.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化pH: 7.7 / 詳細: pH 7.70
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.2 mMTris-HCl1reservoirpH6.0
28.6 mMMES-HCl1reservoirpH6.8
312 %(v/v)PEG4001reservoir
462 mM1reservoirMgCl2
514 mMdithiothreitol1reservoir
70.01 mMoligonucleotide1drop
80.9 mM1dropNaCl
91.4 mg/mlprotein1drop
6water1drop0.002ml
100.3 mMEDTA1drop
112.8 mMTris-HCl1droppH7.5
121.4 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日 / 詳細: UNKNOWN
放射モノクロメーター: UNKNOWN / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 21217 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / % possible all: 86.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3 % / Num. measured all: 63314
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 2.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT
開始モデル: RECONSTITUTED HUMAN TOPOISOMERASE I COVALENT COMPLEX WITH 22 BASE PAIR DUPLEX DNA

解像度: 2.8→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 1445 7 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 21217 94.7 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.84 Å20 Å2-0.05 Å2
2--1.354 Å20 Å2
3---6.486 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4332 896 0 57 5285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.84 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 41 5.5 %
Rwork0.322 710 -
obs--77.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NDBX.DNATOP_NDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.51
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 5.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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