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- PDB-1a33: PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE, CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a33
タイトルPEPTIDYLPROLYL ISOMERASE, CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI
要素PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
キーワードISOMERASE / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS / PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Brugia malayi (マレー糸状虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Mikol, V. / Ma, D. / Carlow, C.K.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the cyclophilin-like domain from the parasitic nematode Brugia malayi.
著者: Mikol, V. / Ma, D. / Carlow, C.K.
履歴
登録1998年1月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5041
ポリマ－19,5041
非ポリマー00
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.900, 57.900, 140.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE


分子量: 19504.418 Da / 分子数: 1 / 断片: CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: BMCYP-1 / プラスミド: PMAL-C2 / 遺伝子 (発現宿主): MBP FUSION PROTEIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267 / 参照: UniProt: Q27450, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化pH: 6
詳細: THE INITIAL 6 UL DROP CONSISTED OF 50 MM MES-NAOH PH 6.0, 0.9 M (NH4)2SO4, 1MM PROTEIN. THE 1 ML RESERVOIR SOLUTION CONSISTED OF 100 MM MES-NAOH PH 6.0, 1.8 M (NH4)2SO4
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES-NaOH1reservoir
31.8 Mammonium sulfate1reservoir
450 mMMES-NaOH1drop
50.9 Mammonium sulfate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→10 Å / Num. obs: 13361 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 22 / Rsym value: 0.08 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Num. measured all: 84704
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CWA

1cwa


解像度: 2.15→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 677 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 13236 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1338 0 0 234 1572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.75
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 76 5 %
Rwork0.201 1520 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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