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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a33 | ||||||
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タイトル | PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE, CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI | ||||||
![]() | PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS / PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mikol, V. / Ma, D. / Carlow, C.K.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the cyclophilin-like domain from the parasitic nematode Brugia malayi. 著者: Mikol, V. / Ma, D. / Carlow, C.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cwaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19504.418 Da / 分子数: 1 / 断片: CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: THE INITIAL 6 UL DROP CONSISTED OF 50 MM MES-NAOH PH 6.0, 0.9 M (NH4)2SO4, 1MM PROTEIN. THE 1 ML RESERVOIR SOLUTION CONSISTED OF 100 MM MES-NAOH PH 6.0, 1.8 M (NH4)2SO4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→10 Å / Num. obs: 13361 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 36 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 22 / Rsym value: 0.08 / % possible all: 96 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 84704 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CWA 解像度: 2.15→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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