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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a2v | ||||||
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タイトル | COPPER AMINE OXIDASE FROM HANSENULA POLYMORPHA | ||||||
![]() | METHYLAMINE OXIDASE | ||||||
![]() | AMINE OXIDASE / QUINOPROTEIN / TOPAQUINONE ENZYME / TPQ | ||||||
機能・相同性 | ![]() primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / peroxisome / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, R. / Mathews, F.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic study of yeast copper amine oxidase. 著者: Li, R. / Chen, L. / Cai, D. / Klinman, J.P. / Mathews, F.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 806.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 669.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1oacS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73690.047 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.2 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN SITTING DROPS FROM 7-9% PEG 8000 AND 0.3 M POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 6.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 172832 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 66.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OAC 解像度: 2.4→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED NCS RESTRAINTS. GROUP 1 POSITIONAL MAIN CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 15 GROUP 1 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 1 POSITIONAL SIDE CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 10 GROUP 1 B- ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED NCS RESTRAINTS. GROUP 1 POSITIONAL MAIN CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 15 GROUP 1 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 1 POSITIONAL SIDE CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 10 GROUP 1 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 2 POSITIONAL MAIN CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 15 GROUP 2 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 2 POSITIONAL SIDE CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 10 GROUP 2 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 3 POSITIONAL MAIN CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 15 GROUP 3 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 3 POSITIONAL SIDE CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 10 GROUP 3 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 4 POSITIONAL MAIN CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 15 GROUP 4 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 4 POSITIONAL SIDE CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 10 GROUP 4 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 5 POSITIONAL MAIN CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 15 GROUP 5 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 5 POSITIONAL SIDE CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 10 GROUP 5 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 6 POSITIONAL MAIN CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 15 GROUP 6 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4 GROUP 6 POSITIONAL SIDE CHAIN (KCAL/MOL-A**2) : 10 GROUP 6 B-FACTOR MAIN CHAIN (A**2) : 4
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.279 |