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万見
- PDB-1a2o: STRUCTURAL BASIS FOR METHYLESTERASE CHEB REGULATION BY A PHOSPHOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a2o
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR METHYLESTERASE CHEB REGULATION BY A PHOSPHORYLATION-ACTIVATED DOMAIN
要素CHEB METHYLESTERASE
キーワードBACTERIAL CHEMOTAXIS / ADAPTATION / SERINE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamate methylesterase / protein-glutamate methylesterase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / phosphorelay response regulator activity / chemotaxis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylesterase CheB, C-terminal domain / Signal transduction response regulator, chemotaxis, protein-glutamate methylesterase / Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase, CheB type / Methylesterase CheB, C-terminal / CheB methylesterase / CheB-type methylesterase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Methylesterase CheB, C-terminal domain / Signal transduction response regulator, chemotaxis, protein-glutamate methylesterase / Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase, CheB type / Methylesterase CheB, C-terminal / CheB methylesterase / CheB-type methylesterase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Djordjevic, S. / Goudreau, P.N. / Xu, Q. / Stock, A.M. / West, A.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Structural basis for methylesterase CheB regulation by a phosphorylation-activated domain.
著者: Djordjevic, S. / Goudreau, P.N. / Xu, Q. / Stock, A.M. / West, A.H.
履歴
登録1998年1月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEB METHYLESTERASE
B: CHEB METHYLESTERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1982
ポリマ－75,1982
非ポリマー00
水7,404411
1
A: CHEB METHYLESTERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5991
ポリマ－37,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CHEB METHYLESTERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5991
ポリマ－37,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.830, 100.460, 53.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.933, -0.099, -0.346), (0.082, -0.995, 0.062), (-0.35, 0.029, 0.936)84.71128, 153.27753, 37.15702
2given(-0.956, -0.056, -0.29), (0.054, -0.998, 0.012), (-0.29, -0.004, 0.957)81.73852, 154.30302, 38.53921

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要素

#1: タンパク質 CHEB METHYLESTERASE


分子量: 37598.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PME30 / Cell (発現宿主): HB101 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04042, protein-glutamate methylesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
21.5 M1dropLi2SO4
30.1 Mimidazole1drop
41.45 M1reservoirLi2SO4
50.1 Mimidazole1reservoir
610 mM1reservoirMgCl2
75 mM1reservoirNaN3
1protein1drop0.001ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 32281 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.163 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 97667 / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CHD

1chd


解像度: 2.4→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.222 ---
obs0.225 32281 96.9 %-
Rfree--5 %RANDOM
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5200 0 0 411 5611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0540.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5582
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.663
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5332
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.5553
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1070.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor6.93
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor36.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 32281 / Rfactor all: 0.222 / Rfactor Rfree: 0.288
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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