[日本語] English
万見
- PDB-1a2n: STRUCTURE OF THE C115A MUTANT OF MURA COMPLEXED WITH THE FLUORINA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a2n
タイトルSTRUCTURE OF THE C115A MUTANT OF MURA COMPLEXED WITH THE FLUORINATED ANALOG OF THE REACTION TETRAHEDRAL INTERMEDIATE
要素UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / ENOLPYRUVYL TRANSFERASE / UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TET / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 精密化 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Skarzynski, T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Stereochemical course of enzymatic enolpyruvyl transfer and catalytic conformation of the active site revealed by the crystal structure of the fluorinated analogue of the reaction ...タイトル: Stereochemical course of enzymatic enolpyruvyl transfer and catalytic conformation of the active site revealed by the crystal structure of the fluorinated analogue of the reaction tetrahedral intermediate bound to the active site of the C115A mutant of MurA
著者: Skarzynski, T. / Kim, D.H. / Lees, W.J. / Walsh, C.T. / Duncan, K.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of Udp-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase, an Enzyme Essential for the Synthesis of Bacterial Peptidoglycan, Complexed with Substrate Udp-N-Acetylglucosamine and the Drug Fosfomycin
著者: Skarzynski, T. / Mistry, A. / Wonacott, A. / Hutchinson, S.E. / Kelly, V.A. / Duncan, K.
履歴
登録1998年1月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6332
ポリマ－44,8391
非ポリマー7931
水4,882271
1
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8996
ポリマ－134,5183
非ポリマー2,3803
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.150, 111.150, 67.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE / MURA


分子量: 44839.477 Da / 分子数: 1 / 変異: C115A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIGAND IS THE FLUORINATED ANALOG OF THE REACTION TETRAHEDRAL INTERMEDIATE
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A749, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-TET / URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL-3-FLUORO-2-PHOSPHONOOXY)PROPIONIC ACID


分子量: 793.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31FN3O23P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 40% TERT-BUTANOL, 100 MM CACL2, 100 MM TRIS-HCL, PH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
19 mg/mlprotein1drop
225 %tert-butyl alcohol1reservoir
3100 mM1reservoirCaCl2
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月5日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.5 Å / Num. obs: 11692 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 精密化
開始モデル: PDB ENTRY 1UAE

1uae


解像度: 2.8→10 Å / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.175 --
obs0.175 11741 99.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 50 422 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.235 1465 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る