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- PDB-1a1k: RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GACC SITE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a1k
タイトルRADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GACC SITE)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
  • RADR ZIF268 VARIANT
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (ZINC FINGER-DNA) / ZINC FINGER / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein sumoylation / glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...regulation of protein sumoylation / glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / locomotor rhythm / skeletal muscle cell differentiation / T cell differentiation / response to glucose / BMP signaling pathway / estrous cycle / positive regulation of chemokine production / regulation of neuron apoptotic process / response to ischemia / positive regulation of interleukin-1 beta production / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / circadian regulation of gene expression / cellular response to gamma radiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Early growth response protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Elrod-Erickson, M. / Benson, T.E. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: High-resolution structures of variant Zif268-DNA complexes: implications for understanding zinc finger-DNA recognition.
著者: Elrod-Erickson, M. / Benson, T.E. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Zif268 Protein-DNA Complex Refined at 1.6 A: A Model System for Understanding Zinc Finger-DNA Interactions
著者: Elrod-Erickson, M. / Rould, M.A. / Nekludova, L. / Pabo, C.O.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Zinc Finger Phage: Affinity Selection of Fingers with New DNA-Binding Specificities
著者: Rebar, E.J. / Pabo, C.O.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Zinc Finger-DNA Recognition: Crystal Structure of a Zif268-DNA Complex at 2.1 A
著者: Pavletich, N.P. / Pabo, C.O.
履歴
登録1997年12月10日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
A: RADR ZIF268 VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7016
ポリマ－17,5053
非ポリマー1963
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.700, 55.500, 130.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3399.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3310.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 RADR ZIF268 VARIANT


分子量: 10795.463 Da / 分子数: 1 / Fragment: ZINC FINGER / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PRADR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P08046
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 25% PEG 1450, 25 MM MES PH 6.2
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NACL11
3MES11
4PEG 335011
5WATER12
6NACL12
7MES12
8PEG 335012
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.5 mMzinc-finger-DNA complex1drop
2150 mM1dropNaCl
325 mM1drop
412.5 %PEG14501drop
525 %PEG14501reservoir
675 mMMES1reservoir
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 23142 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 63.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 79.9 % / 冗長度: 2.3 % / Num. measured all: 10102 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 63.8 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1AAY, WITHOUT WATERS AND WITHOUT SIDE CHAINS FOR RESIDUES 18 - 24

1aay


解像度: 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1079 10.9 %BASED
Rwork0.21 ---
obs0.21 9890 78.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.729 Å20 Å20 Å2
2--9.654 Å20 Å2
3---4.526 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数708 445 3 121 1277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.821.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.4492
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.3952
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.3852.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 119 13.3 %
Rwork0.33 773 -
obs--58.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARNDBX.DNATOPNDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.34
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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