+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a1f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DSNR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GACC SITE) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (ZINC FINGER-DNA) / ZINC FINGER / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / regulation of protein sumoylation / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / : / positive regulation of smooth muscle cell migration / skeletal muscle cell differentiation / locomotor rhythm / T cell differentiation / estrous cycle / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / BMP signaling pathway / long-term memory / response to glucose / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / circadian regulation of gene expression / response to insulin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to gamma radiation / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron apoptotic process / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / learning or memory / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Elrod-Erickson, M. / Benson, T.E. / Pabo, C.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: High-resolution structures of variant Zif268-DNA complexes: implications for understanding zinc finger-DNA recognition. 著者: Elrod-Erickson, M. / Benson, T.E. / Pabo, C.O. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Zif268 Protein-DNA Complex Refined at 1.6 A: A Model System for Understanding Zinc Finger-DNA Interactions 著者: Elrod-Erickson, M. / Rould, M.A. / Nekludova, L. / Pabo, C.O. #2: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Zinc Finger Phage: Affinity Selection of Fingers with New DNA-Binding Specificities 著者: Rebar, E.J. / Pabo, C.O. #3: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Zinc Finger-DNA Recognition: Crystal Structure of a Zif268-DNA Complex at 2.1 A 著者: Pavletich, N.P. / Pabo, C.O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a1f.cif.gz | 42 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1a1f.ent.gz | 30.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/1a1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/1a1f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3399.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
---|---|---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 3310.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 10768.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PDSNR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P08046 | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 400, 200MM MGCL2, 100 MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 詳細: macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 8185 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 76 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 87 % / 冗長度: 2.4 % / Num. measured all: 19390 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.17 Å / % possible obs: 76 % / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 10.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT 開始モデル: PDB ENTRY 1AAY, WITHOUT WATERS AND WITHOUT SIDE CHAINS FOR RESIDUES 18 - 24 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES (DNA)
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 8173 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.9 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.359 |