PDB-1a13: G PROTEIN-BOUND CONFORMATION OF MASTOPARAN-X, NMR, 14 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1a13

タイトル

G PROTEIN-BOUND CONFORMATION OF MASTOPARAN-X, NMR, 14 STRUCTURES

要素

MASTOPARAN-X

キーワード

MAST CELL DEGRANULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

other organism cell membrane / defense response to fungus /

toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium /

自然免疫系 / extracellular region /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Vespa simillima xanthoptera (キイロスズメバチ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Kusunoki, H. / Wakamatsu, K. / Sato, K. / Miyazawa, T. / Kohno, T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: G protein-bound conformation of mastoparan-X: heteronuclear multidimensional transferred nuclear overhauser effect analysis of peptide uniformly enriched with 13C and 15N.
著者: Kusunoki, H. / Wakamatsu, K. / Sato, K. / Miyazawa, T. / Kohno, T.

履歴

登録	1997年12月20日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1a13.cif.gz	61.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1a13.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1a13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/1a13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/1a13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qfa-d 6twg-d 1in3-d 6gs5-d 1m23-d 7ccn-d 1zpx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MASTOPARAN-X

1.56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	14 / 100
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	MASTOPARAN-X 分子量: 1557.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vespa simillima xanthoptera (キイロスズメバチ) 生物種: Vespa simillimaケブカスズメバチ / 株: xanthoptera / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01515

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	HSQC
1	4	1	HNCO
1	5	1	HN(CA)CB
1	6	1	CBCA(CO)NH
1	7	1	TOCSY-HSQC
1	8	1	NOESY-HSQC
1	9	1	NOESY-HMQC
1	10	1	HMQC-NOESY-HMQC

-
試料調製

試料状態	pH: 6.0 / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1		構造決定

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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