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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a12 | ||||||
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タイトル | REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION (RCC1) OF HUMAN | ||||||
要素 | REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1 | ||||||
キーワード | GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / GEF / RAN / RAS-LIKE NUCLEAR GTP BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic nuclear membrane reassembly / sulfate binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of mitotic nuclear division / condensed nuclear chromosome / spindle assembly / nucleosome binding / nucleosomal DNA binding ...mitotic nuclear membrane reassembly / sulfate binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of mitotic nuclear division / condensed nuclear chromosome / spindle assembly / nucleosome binding / nucleosomal DNA binding / viral process / mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromosome segregation / G1/S transition of mitotic cell cycle / small GTPase binding / chromosome / histone binding / protein heterodimerization activity / cell division / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT (SIR) COMBINED WITH 3-FOLD NCS AVERAGING / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Renault, L. / Nassar, N. / Vetter, I. / Becker, J. / Roth, M. / Wittinghofer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: The 1.7 A crystal structure of the regulator of chromosome condensation (RCC1) reveals a seven-bladed propeller. 著者: Renault, L. / Nassar, N. / Vetter, I. / Becker, J. / Klebe, C. / Roth, M. / Wittinghofer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a12.cif.gz | 248.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a12.ent.gz | 198.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/1a12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/1a12 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44109.777 Da / 分子数: 3 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: P18754 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % 解説: NATIVE DATA SET OBTAINED BY MERGING 3 NATIVE DATA SETS, TWO COLLECTED ON ROTATING ANODE AND ONE COLLECTED AT DESY. |
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結晶化 | pH: 6.9 / 詳細: pH 6.9 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9096 |
検出器 | 日付: 1997年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9096 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→41.5 Å / Num. obs: 113006 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.257 / % possible all: 69.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 596594 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT (SIR) COMBINED WITH 3-FOLD NCS AVERAGING 解像度: 1.7→41 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 750.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.264 |