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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a0l | ||||||
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タイトル | HUMAN BETA-TRYPTASE: A RING-LIKE TETRAMER WITH ACTIVE SITES FACING A CENTRAL PORE | ||||||
![]() | BETA-TRYPTASE | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEINASE / TETRAMER / HEPARIN / ALLERGY / ASTHMA / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptase / serine-type peptidase activity / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pereira, P.J.B. / Bergner, A. / Macedo-Ribeiro, S. / Huber, R. / Matschiner, G. / Fritz, H. / Sommerhoff, C.P. / Bode, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human beta-tryptase is a ring-like tetramer with active sites facing a central pore. 著者: Pereira, P.J. / Bergner, A. / Macedo-Ribeiro, S. / Huber, R. / Matschiner, G. / Fritz, H. / Sommerhoff, C.P. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 409.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27394.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: IN COMPLEX WITH AMIDINO PHENYL PYRUVIC ACID (APPA), A SYNTHETIC INHIBITOR 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-APA / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | FOR ALL FOUR CHAINS, THE C2 ATOM OF P-AMIDINO-PHENYL-PYRUVATE APA IS COVALENTLY CONNECTED TO THE ...FOR ALL FOUR CHAINS, THE C2 ATOM OF P-AMIDINO-PHENYL-PYRUVATE APA IS COVALENTLY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.121 |
反射 | *PLUS Num. obs: 23164 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.316 |