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万見
- PDB-1a0l: HUMAN BETA-TRYPTASE: A RING-LIKE TETRAMER WITH ACTIVE SITES FACIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0l
タイトルHUMAN BETA-TRYPTASE: A RING-LIKE TETRAMER WITH ACTIVE SITES FACING A CENTRAL PORE
要素BETA-TRYPTASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEINASE / TETRAMER / HEPARIN / ALLERGY / ASTHMA / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / serine-type peptidase activity / : / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-APA / Tryptase beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pereira, P.J.B. / Bergner, A. / Macedo-Ribeiro, S. / Huber, R. / Matschiner, G. / Fritz, H. / Sommerhoff, C.P. / Bode, W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Human beta-tryptase is a ring-like tetramer with active sites facing a central pore.
著者: Pereira, P.J. / Bergner, A. / Macedo-Ribeiro, S. / Huber, R. / Matschiner, G. / Fritz, H. / Sommerhoff, C.P. / Bode, W.
履歴
登録1997年12月3日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-TRYPTASE
B: BETA-TRYPTASE
C: BETA-TRYPTASE
D: BETA-TRYPTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4108
ポリマ－109,5774
非ポリマー8334
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area38590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.930, 82.930, 172.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.960332, 0.276891, -0.033061), (0.275832, 0.925793, -0.258505), (-0.04097, -0.25737, -0.965444)132.62109, 5.2743, 181.90961
2given(-0.999796, -0.001683, 0.020114), (0.007034, -0.9631, 0.269053), (0.018919, 0.269139, 0.962915)140.32651, 43.3124, -7.408
3given(0.961787, -0.270732, 0.040859), (-0.270396, -0.962653, -0.013641), (0.043026, 0.002071, -0.999072)8.4737, 87.6665, 170.3678

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要素

#1: タンパク質
BETA-TRYPTASE


分子量: 27394.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: IN COMPLEX WITH AMIDINO PHENYL PYRUVIC ACID (APPA), A SYNTHETIC INHIBITOR
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: MAST CELL / 器官: LUNG / 参照: UniProt: P20231, tryptase
#2: 化合物
ChemComp-APA / (2S)-3-(4-carbamimidoylphenyl)-2-hydroxypropanoic acid


分子量: 208.214 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細FOR ALL FOUR CHAINS, THE C2 ATOM OF P-AMIDINO-PHENYL-PYRUVATE APA IS COVALENTLY CONNECTED TO THE ...FOR ALL FOUR CHAINS, THE C2 ATOM OF P-AMIDINO-PHENYL-PYRUVATE APA IS COVALENTLY CONNECTED TO THE CORRESPONDING SER195 SIDE CHAIN ATOM OG, FORMING HEMIKETAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Msodium chloride1drop
23 Mammonium sulfate1reservoir
30.2 M3-(N-morpholino)propanesulphonic acid1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.121
反射
*PLUS
Num. obs: 23164

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 -5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 22536 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7716 0 60 96 7872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.69
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.434
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3→3.1 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 -5.7 %
Rwork0.316 2089 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.434
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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