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- PDB-1a0e: XYLOSE ISOMERASE FROM THERMOTOGA NEAPOLITANA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0e
タイトルXYLOSE ISOMERASE FROM THERMOTOGA NEAPOLITANA
要素XYLOSE ISOMERASE
キーワードKETOLISOMERASE / XYLOSE METABOLISM / GLUCOSE-FRUCTOSE INTERCONVERSION / HYDRIDE TRANSFER / ALPHA-BETA BARREL / METALLOENZYME / THERMOPHILE
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, bacterial-type / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gallay, O. / Chopra, R. / Conti, E. / Brick, P. / Blow, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Class II Xylose Isomerases from Two Thermophiles and a Hyperthermophile
著者: Gallay, O. / Chopra, R. / Conti, E. / Brick, P. / Jackson, R. / Hartley, B. / Vieille, C. / Zeikus, J.G. / Blow, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Initial X-Ray Analysis of Xylose Isomerase from Thermotoga Neapolitana
著者: Chayen, N.E. / Conti, E. / Vieille, C. / Zeikus, J.G.
#2: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1995
タイトル: Xyla Cloning and Sequencing and Biochemical Characterization of Xylose Isomerase from Thermotoga Neapolitana
著者: Vieille, C. / Hess, J.M. / Kelly, R.M. / Zeikus, J.G.
履歴
登録1997年11月28日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02024年2月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOSE ISOMERASE
D: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0178
ポリマ－101,6632
非ポリマー3546
水4,612256
1
A: XYLOSE ISOMERASE
D: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
D: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,03416
ポリマ－203,3264
非ポリマー70712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area30610 Å2
ΔGint-287 kcal/mol
Surface area55690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)161.790, 121.870, 98.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-493-

CO

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99999, 0.00298, 0.0021), (-0.00259, -0.98577, 0.16811), (0.00257, 0.1681, 0.98577)
ベクター: 80.53531, 0.16098, -0.04196)

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要素

#1: タンパク質 XYLOSE ISOMERASE / GLUCOSE ISOMERASE


分子量: 50831.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (バクテリア)
株: 5068 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: XYLA / プラスミド: PTNE2 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): XYLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P45687, xylose isomerase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 14% JEFFAMINE ED 4000, 5 MM MGSO4, 0.5 MM COCL2, 50 MM MOPS, PH 7.0 (FOR DETAILS SEE REFERENCE 1).

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年6月1日 / 詳細: DUAL SLIT, COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→12.5 Å / Num. obs: 26137 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 51.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.88 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: XYLOSE ISOMERASE FROM THERMOANAEROBACTERIUM THERMOSULFURIGENES

解像度: 2.7→12.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: A POSTERIORI
詳細: DISORDERED SIDE CHAINS WERE NOT INCLUDED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1265 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 26119 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7012 0 6 256 7274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 144 5 %
Rwork0.288 2957 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.IONTOPH.ION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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