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- PDB-1a04: THE STRUCTURE OF THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a04
タイトルTHE STRUCTURE OF THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL IN THE MONOCLINIC C2 CRYSTAL FORM
要素NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / RESPONSE REGULATORS / TWO-COMPONENT SYSTEMS
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / phosphorelay signal transduction system / nitrate assimilation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrate/nitrite response regulator protein NarL / Nitrate/nitrite response regulator protein NarL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Baikalov, I. / Schroder, I. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Cascio, D. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: NarL dimerization? Suggestive evidence from a new crystal form
著者: Baikalov, I. / Schroder, I. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Cascio, D. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure of the Escherichia Coli Response Regulator NarL.
著者: Baikalov, I. / Schroder, I. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Grzeskowiak, K. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
履歴
登録1997年12月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL
B: NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6572
ポリマ－47,6572
非ポリマー00
水6,503361
1
A: NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8291
ポリマ－23,8291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8291
ポリマ－23,8291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.306, 38.527, 106.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL


分子量: 23828.623 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / プラスミド: PHXL-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10957, UniProt: P0AF28*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.3 MG/ML OF PURIFIED NARL, 20 MM TRIS.HCL (PH=7.6), 0.5 MM MGCL2, AND 10% GLYCEROL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M ...詳細: THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.3 MG/ML OF PURIFIED NARL, 20 MM TRIS.HCL (PH=7.6), 0.5 MM MGCL2, AND 10% GLYCEROL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M TRIS.HCL (PH=8.5), 0.2 M SODIUM ACETATE, AND 30% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000. SITTING DROPS CONTAINING 20 ML OF MIXTURE WERE EQUILIBRATED BY VAPOR DIFFUSION AT 4 DEGREES AGAINST 20 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION. CRYSTALS BEGAN TO APPEAR AS CLUSTERS OF PLATES AFTER 11-15 DAYS., vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K
PH範囲: 7.6-8.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
111.65 mg/mlNarL1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.25 mM1dropMgCl2
45 %glycerol1drop
50.05 MTris-HCl1drop
60.1 Msodium acetate1drop
715 %PEG40001drop
80.1 MTris-HCl1reservoir
90.2 Msodium acetate1reservoir
1030 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月27日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→65 Å / Num. obs: 22871 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.44 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RNL

1rnl


解像度: 2.2→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 -10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 22321 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 0 361 3535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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