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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 189d | ||||||||||||||||||
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タイトル | HYDRATION PATTERNS AND INTERMOLECULAR INTERACTIONS IN A-DNA CRYSTAL STRUCTURES. IMPLICATIONS FOR DNA RECOGNITION | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | データ登録者 | Eisenstein, M. / Shakked, Z. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Hydration patterns and intermolecular interactions in A-DNA crystal structures. Implications for DNA recognition. 著者: Eisenstein, M. / Shakked, Z. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982 タイトル: Molecular Structure of the Octamer d(G-G-C-C-G-G-C-C): Modified A-DNA 著者: Wang, A.H.-J. / Fujii, S. / Boom, J.H.V. / Rich, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 189d.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb189d.ent.gz | 7.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 189d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 189d_validation.pdf.gz | 311.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 189d_full_validation.pdf.gz | 311.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 189d_validation.xml.gz | 1.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 189d_validation.cif.gz | 1.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/89/189d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/89/189d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2428.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: unknown詳細: Wang, A. H.-J., (1982) Proc. Nat. Acad. Sci. USA., 79, 3968. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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検出器 | タイプ: NICOLET / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |