PDB-183d: X-RAY STRUCTURE OF A DNA DECAMER CONTAINING 7, 8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 183d

タイトル

X-RAY STRUCTURE OF A DNA DECAMER CONTAINING 7, 8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lipscomb, L.A. / Peek, M.E. / Morningstar, M.L. / Verghis, S.M. / Miller, E.M. / Rich, A. / Essigmann, J.M. / Williams, L.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: X-ray structure of a DNA decamer containing 7,8-dihydro-8-oxoguanine.
著者: Lipscomb, L.A. / Peek, M.E. / Morningstar, M.L. / Verghis, S.M. / Miller, E.M. / Rich, A. / Essigmann, J.M. / Williams, L.D.

履歴

登録	1994年8月1日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1995年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	183d.cif.gz	15.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb183d.ent.gz	9.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	183d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	183d_validation.pdf.gz	325.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	183d_full_validation.pdf.gz	328.9 KB	表示
XML形式データ	183d_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	183d_validation.cif.gz	2.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/83/183d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/83/183d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1zf5-1 2d25-d 6jv5-1 5j3i-d 1cgc-d 1cw9-2 122d-d 123d-d 5w20-d 1d62-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')

3.06 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')

登録者が定義した集合体
6.12 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.270, 25.560, 34.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPAP(8OG)PCPGPCPTPGPG)-3') 分子量: 3061.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.57 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: pH 7.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	BIS-TRIS-PROPANE_HCL	1	1
4	MGCL2	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7.6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	1.9 mM	DNA	1	drop	single stranded
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop
3	5 %	methylpentanediol	1	drop
4	133 mM		1	drop		MgCl2
5	30 %	methylpentanediol	1	reservoir
6			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器	タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.6 Å / Num. all: 12930 / Num. obs: 3290 / Observed criterion σ(I): 2
反射	PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs*: 0.0552

-
解析

ソフトウェア

名称:

X-PLOR / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.234	-	-
obs	0.234	3290	95.4 %

Refine B_iso

クラス	Refine-ID
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	203	1	42	246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.6
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 3.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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