+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 182d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DNA-NOGALAMYCIN INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(TGATCA) COMPLEXED WITH NOGALAMYCIN | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | NOGALAMYCIN / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Smith, C.K. / Davies, G.J. / Dodson, E.J. / Moore, M.H. | ![]() ![]() タイトル: DNA-nogalamycin interactions: the crystal structure of d(TGATCA) complexed with nogalamycin. 著者: Smith, C.K. / Davies, G.J. / Dodson, E.J. / Moore, M.H. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: HENDRIX-LENTFER / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 4953 / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 4788 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 1 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30 Å2 |