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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 160d | ||||||||||||||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA DECAMER D(CCCGGCCGGG): NOVEL INTERMOLECULAR BASE-PAIRED G*(G.C) TRIPLETS | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: High resolution crystal structure of the A-DNA decamer d(CCCGGCCGGG). Novel intermolecular base-paired G*(G.C) triplets. 著者: Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3046.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→8 Å / Num. obs: 6033 / Observed criterion σ(I): 2.5 |
反射 | *PLUS % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / Num. measured all: 26000 / Rmerge(I) obs: 0.031 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.65→8 Å / σ(I): 2.5 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 6033 / σ(F): 2.5 / Rfactor obs: 0.185 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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