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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 145d | ||||||
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タイトル | Structure and thermodynamics of nonalternating C/G base pairs in Z-DNA: the 1.3 angstroms crystal structure of the asymmetric hexanucleotide D(M(5)CGGGM(5) CG)/D(M(5)CGCCM(5)CG) | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | ||||||
機能・相同性 | DNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Schroth, G.P. / Kagawa, T.F. / Shing Ho, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structure and thermodynamics of nonalternating C.G base pairs in Z-DNA: the 1.3-A crystal structure of the asymmetric hexanucleotide d(m5CGGGm5CG).d(m5CGCCm5CG). 著者: Schroth, G.P. / Kagawa, T.F. / Ho, P.S. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1982 タイトル: Molecular Structure of (m5dC-dG)3: The Role of the Methyl Group on 5-Methyl Cytosine in Stabilizing Z-DNA 著者: Fujii, S. / Wang, A.H.-J. / Van Der Marel, G. / Van Boom, J.H. / Rich, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 145d.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb145d.ent.gz | 22.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 145d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 145d_validation.pdf.gz | 387 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 145d_full_validation.pdf.gz | 389.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 145d_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 145d_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/45/145d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/45/145d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1798.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1718.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | | 分子量: 1878.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.25→8 Å / σ(F): 1.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.25 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 5029 / σ(F): 1.5 / Rfactor obs: 0.193 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.36 Å / Total num. of bins used: 8 / Num. reflection obs: 420 / Rfactor all: 0.1931 |