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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 138d | ||||||||||||||||||
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タイトル | A-DNA DECAMER D(GCGGGCCCGC)-HEXAGONAL CRYSTAL FORM | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 | タイトル: Evidence for crystal environment dominating base sequence effects on DNA conformation: crystal structures of the orthorhombic and hexagonal polymorphs of the A-DNA decamer d(GCGGGCCCGC) ...タイトル: Evidence for crystal environment dominating base sequence effects on DNA conformation: crystal structures of the orthorhombic and hexagonal polymorphs of the A-DNA decamer d(GCGGGCCCGC) and comparison with their isomorphous crystal structures. 著者: Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 138d.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb138d.ent.gz | 9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 138d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 138d_validation.pdf.gz | 359.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 138d_full_validation.pdf.gz | 360.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 138d_validation.xml.gz | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 138d_validation.cif.gz | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/38/138d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/38/138d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3046.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 3435 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 91 % / Num. measured all: 19222 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 2298 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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