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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 131d | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE LOW-TEMPERATURE CRYSTAL STRUCTURE OF THE PURE-SPERMINE FORM OF Z-DNA REVEALS BINDING OF A SPERMINE MOLECULE IN THE MINOR GROOVE | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Bancroft, D. / Williams, L.D. / Rich, A. / Egli, M. | ![]() ![]() タイトル: The low-temperature crystal structure of the pure-spermine form of Z-DNA reveals binding of a spermine molecule in the minor groove. 著者: Bancroft, D. / Williams, L.D. / Rich, A. / Egli, M. #1: ![]() タイトル: Structure of the Pure-Spermine Form of Z-DNA (Magnesium Free) at 1 Angstrom Resolution 著者: Egli, M. / Williams, L.D. / Gao, Q. / Rich, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 338.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 352 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 詳細: Egli, M., (1991) Biochemistry, 30, 11388. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 163 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1 Å / Num. all: 14081 / Num. obs: 9691 / Observed criterion σ(F): 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1→5 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 9575 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |